有人認為遺傳性疾病神經脊發育異常，兒茶酚胺產生過多，發育中的心肌對兒茶酚胺反應異常，還有人提出與”原位癌”基因表達異常，鈣調節異常有關。具體介紹如下：
⑴肥厚型心肌病的遺傳因素：有家族史的HCM占50%，家族性肥厚型心肌病是一種常染色體顯性遺傳性疾病。迄今確定10個編碼肌節蛋白基因的100多種突變可引起家族性肥厚型心肌病。致病基因和突變引起結構缺陷，導致細胞功能損害。肌小節紊亂肥厚和纖維化增加導致低收縮狀態致心肌肥厚。
⑵兒茶酚胺分泌增多及神經體液刺激：HCM患者兒茶酚胺分泌增多，心肌中去甲”腎上腺素”含量增加引起心肌肥厚和膠原纖維排列紊亂，並有心室內壓差形成，而應用β受體阻滯劑則改善這些不利反應並緩解症狀。因此認為交感-腎上腺系統過度激活可能是促進HCM呈表型表達的重要因素。
⑶原癌基因表達異常：原癌基因表達異常是一些心血管疾病細胞增殖的重要因素之一。在目前一系列的報告中，心肌肥厚常伴有原癌基因表達過盛，原癌基因的激活與表達增強是心肌肥厚發生的重要信號與介導途徑。
⑷鈣調節異常：HCM患者胞質內鈣調節異常。實驗表明增加妊娠鼠血鈣濃度其後代心肌肥厚和膠原纖維排列紊亂類似HCM。使用鈣拮抗劑可改善心髒舒張功能，降低左室流出道壓差。
