早搏頻繁，或有快速心律失常者用抗心律失常藥。如因高度房室傳導阻滯、快速室性心律或窦房結損害而引起昏厥或低血壓，則需用電起搏或電復律，多數三度房室傳導阻滯患者借起搏器渡過急性期後得到恢復。
腎上腺皮質激素的應用，可使嚴重心肌炎的心力衰竭好轉，嚴重心律失常（如高度房室傳導阻滯）減輕或消除，其作用可能是通過抑制心肌炎的炎症和水腫、消除變態反應、減輕毒素的作用。實驗中激素抑制干擾素的合成和釋放、加速病毒增殖，引起感染加重，故目前認為一般患者不必應用，尤其是發病最初10天內。但臨床實踐證明，對重症患者，激素仍宜應用，以渡過危重時期。對經其他方法治療效果不佳者、或免疫反應強烈者，在發病後10天至1月內，也可考慮應用激素。對一般心肌炎患者，應用激素，環孢素等作免疫抑制治療未證明有益。
促進心肌代謝的藥物，如三磷酸腺苷、輔酶A、肌苷、環化腺苷酸、細胞色素C等在治療中可能有輔助作用，一般可選用三磷酸腺苷10～20mg，或輔酶A50u，或肌苷200～400mg，或環化腺苷酸20～40mg，或細胞色素C15mg肌肉注射，2～3次/d。近年來輔酶Q10也用於治療心肌炎，口服20～60mg3次/d。提高免疫功能的藥，近年來發現黃芪對提高免疫功能及改善心功能有益，口服或注射均可，也可用免疫核糖核酸每周皮注射6mg或胸腺素10mg，每天一次肌注，也可用轉移因子、干擾素治療。
依據心肌損害范圍、部位、嚴重程度、心功能狀態以及是否及時合理治療而異。多數病例預後良好，經數周或數月可以痊愈。心髒傳導系統受損者可有致命性心律失常。少數重症暴發病例可在數小時或數日內死於急性心力衰竭、肺水腫或心源性休克。新生兒病死率可高達75%。部分病例病程遷延達1年以上，臨床症狀反復出現，X線及心電圖異常久不恢復；或呈進行性心髒增大，反復心力衰竭而發展為慢性心肌炎。某些病例經長期觀察已無心肌炎表現或心功能改變，但持續存在穩定的心電圖異常如期前收縮、工度房室傳導阻滯、不完全性右束支傳導阻滯等，可能系心肌炎性病灶遺留的纖維化瘢痕所致後遺症，不能認為是活動期表現。近年有人提出心肌炎可進一步發展為心內膜彈力纖維增生症或特發性心肌病。
