胺碘酮是治療心律失常的二線藥物，由於可導致患者甲狀腺功能出現異常，治療期間應注意監測TSH，根據其變化對出現異常的患者進行治療。
1、僅有化驗異常--心律失常患者應用胺碘酮後僅T4、反T3、促甲狀腺激素（TSH）輕度升高、T3水平輕度降低而無臨床表現，一般不作為停藥指征，可加強監測而不需要特殊處理。
2、甲減--老年或者甲狀腺機能低下的心律失常患者應用胺碘酮後T3降低、TSH升高＞5μU/ml，應考慮為甲減，可使用左旋甲狀腺治療，使TSH正常化。需要注意的是，胺碘酮本身可引起心動過緩，與甲減表現類似，應注意鑒別。
3、甲亢--如患者應用胺碘酮後T3升高、TSH下降＜0.1μU/ml，應考慮為甲亢，此時應及時停用胺碘酮，避免房顫加重或出現快速室性心律失常，早期應用糖皮質激素可能有效，間歇治療藥物可選擇丙基硫氧嘧啶和他巴唑。如停用胺碘酮危險性較大，可考慮甲狀腺次全切除術。
特別提示：由於腆化鈉的吸收被胺碘酮分子中的腆化物抑制，所以由胺碘酮導致的甲亢一般不能進行131I放射治療。
