先天性心髒病的最佳手術時間需要結合具體病情進行判斷。一般說來疾病比較輕，對生長發育影響不大，短時間內無明顯進展的先天性心髒病患兒可不急於手術。如小的房間隔缺損，20%左右可自行閉合，可不必急於手術，若到學齡前仍未閉合，就需手術治療了。而有一些先天性心髒病，則需要早期手術，否則會延誤治療時機。
先天性心髒病是一種嚴重危害嬰幼兒生長發育的疾患。它的存在必然影響患兒的生長，不僅使患兒自幼體弱多病，生長發育較同齡兒緩慢；甚至影響其智力的發展；而且隨著年齡的增長，病情也不斷地發展，有些患者到了青少年時期，病情就已發展到無法醫療的地步。因此，國內外專家學者一致認為：一旦發現患有先天性心髒病就應盡快盡早進行治療。
關於嬰兒先天性心髒病多大年齡施作手術治療合適的問題，應根據先天性心髒病的類型及症狀出現的早晚而決定手術年齡。大部分先天性心髒病患兒應在3-10歲進行手術治療，如果能在學齡前施實手術，將不會影響患兒上學，並能減輕社會及家庭的負擔。如果病情需要，如畸形較重，症狀出現較早，反復發生心力衰竭、心內膜炎，危及到生命，可不受年齡限制，根據情況，盡早手術。目前國內已開展了嬰兒期的先天性心髒病手術，但成功率較低。
