內在因素即遺傳因素，如染色體異常和基因畸變，約4%～5%先天性心髒病是由染色體病引起的。
外部因素中較重要的因素為室內，尤其是病毒如風疹，腮腺炎，流行性感及柯薩基病毒等。心髒胚胎發育的關鍵時期是在妊娠的第2～8周，造成先天性心血管畸形也主要發生在此階段，如母親在妊娠3個月內患嚴重病毒性感染時，特別是患風疹病毒後出生的新生兒患先天性心髒病的發病率較高。
胎兒環境及母體因素，包括胎兒周圍局部機械壓迫、母親的營養或維生素缺乏等因素，都會影響胎兒的心髒發育。
其他因素如高原地區，動脈導管未閉的發病率較高，說明高原環境可能為該病的發病因素。
又如母親在妊娠期接觸大劑量x射線或使用某些藥物，患慢性疾病、缺氧、母親高齡妊娠，流產保胎和多胎等因素均為高危因素。
（實習編輯：黃翠君）
