肺動脈壓接近或超過主動脈壓、雜音很輕或已消失、靜止狀態或輕度活動即出現唇指紫绀、動脈血氧飽和度＜90%、或肺總阻力超過10Wood單位者，已喪失手術時機，此時缺損已成為肺動脈高壓血流的“安全”減壓通道，如強行閉合手術，會促進右心衰竭，加速病情惡化。
手術采用胸骨正中切口，切開心包顯露心髒、大血管後，探明主-肺動脈隔缺損的具體部位和情況。如缺損位置較高且為管道型，可用兩把弧形動脈鉗分別夾在管道兩側的主動脈和肺總動脈壁上，鉗間切斷管道（圖2），以無損傷性3-0合成纖維縫線，往返連續縫閉兩切端。大多數病人的缺損位置較低，其下緣鄰近主動脈瓣和冠狀動脈基部，當中幾無間隙，缺損呈窗形，則需在體外循環條件下（經股動脈插給血管），阻斷缺損遠端的主動脈，在主動脈和肺動脈之間切開間隔缺損處，先縫閉主動脈上的缺口，排盡左心室和主動脈內的氣體後，開放升主動脈阻斷鉗，恢復冠狀動脈灌注後，再縫閉肺動脈上的缺口。晚近有人采用在體外循環和阻斷升主動脈的條件下，切開肺總動脈，從肺動脈腔內縫閉缺損處（圖3），較為簡便實用。對缺損位置較高者，手術中應防止損傷右肺動脈，對缺損位置較低者，應防止傷及冠狀動脈。手術難度與危險性均較動脈導管未閉者大，據Stansel1977年統計，非體外循環條件下手術者，死亡率高達35%；采用體外循環方法者為14%。遠期效果視病人手術前是否已有肺血管繼發性病變及其程度而異。
