埃布斯坦綜合征的診斷，臨床症狀和體征固然可能給予重要提示，但要作出准確診斷尚有賴於下述各項輔助檢查，尤其是選擇性心血管造影術。
1、心電圖
心電圖P波振幅增高及(或)增寬，有時可見切跡以Ⅱ、Ⅲ，aVF以及V1導聯最為清楚。有人認為P波改變的程度與預後有關，P波正常者常無症狀；顯著異常者，不但常有症狀而且極易在短期內迅速死亡。P-R間期常延長完全性或不完全性右束支傳導阻滯幾乎見於每一病人。肢體導聯及右胸導聯常有低電壓。右心室肥厚偶見，但絕無左心室肥厚的圖形。
Vl～4導聯的QRS波群呈Qr型並伴有T波倒置，是本畸形一種特異性心電圖變化。該畸形病人約有5％～25％合並預激綜合征(B型)。先天性心髒病合並預激綜合征者，其中30％為Ebstein畸形。因此，在臨床上，當先天性心髒病合並預激綜合征時，應疑及Ebstein畸形之可能。這種畸形可發生於各種心律失常，其中陣發性室上性心動過速常見，即使無預激綜合征也是如此其他心律失常如房性期前收縮、心房撲動或心房顫動等均可見。
2、X線檢查
X線檢查輕度畸形者，心髒擴大不明顯，肺血正常。中、重度畸形者，心髒向兩側擴大，主要為右心房擴大。透視下心緣搏動不明顯，與擴大的心髒很不相稱，類似於心包積液或肺動脈口狹窄伴心力衰竭的X線征象。由於右心房擴大加上右心室流出道向左移位，心影可呈方盒形或漏斗形，少數病變可呈球形。肺血減少，主動脈結正常或偏小。
3、超聲心動圖
超聲心動圖最典型的表現是三尖瓣前葉活動振幅增加同時又有關閉延遲(至少要在二尖瓣關閉後0.04s才關閉)。此外，如果將探頭放在一般顯示右心室的部位可見巨大心腔(房化的右心室)，還可見到三尖瓣的EF斜率(舒張早期的關閉運動)減慢。
4、右心導管檢查
右心導管檢查以往認為埃布斯坦綜合征作心導管檢查危險性極大，易發生嚴重的心律失常，甚至危及生命。
因埃布斯坦綜合征此若不考慮心髒矯治術，最好不作此檢查現在認為若臨床診斷不明時盡管有危險仍應進行。在有經驗人員操作及有搶救設備條件下，危險不大。一組國際合作研究本畸形患者共505例，行導管檢查及造影共363例，發生心律失常者100例，其中死亡13例。
右心導管檢查時導管常盤繞在擴大的右心房內。操縱導管往往可將導管尖送入左心房(通過心房間交通)，但卻難於進入右心室。右心房內壓力較高，右心房壓力曲線示a波、v波增大。
右心室舒張壓高，收縮壓正常或稍高。肺動脈壓正常或偏低當從肺動脈到右心室，或從右心室到右心房回抽導管，並連續記錄壓力曲線時，可發現肺動脈瓣兩側有收縮壓差，三尖瓣兩側有舒張壓差。多數病人，在心房水平有右至左分流，偶可發現該水平有左至右分流。
這裡應特別提到的是，如能同時記錄壓力曲線和心腔內心電圖，常可發現在右心房與功能性右心室之間有一移行區。該區所錄得的壓力同右心房而腔內心電圖圖形同右心室。這個移行區即為房化了的右心室。這一發現，常有助於埃布斯坦綜合征的診斷。
選擇性右心系統造影該畸形造影診斷的主要依據是：
三尖瓣畸形、下移和右心室房化一般於顯影的右心房室下緣可見兩個切跡，其一在脊柱中線附近，為固有的三尖瓣環；其二位於脊柱左側為下移之三尖瓣的反映。
兩個切跡之間即為房化的右心室另外，選擇性右心房造影，尚可發現右心房明顯擴張，造影劑通過緩慢；左心房、左心室、主動脈早期顯影(有心房間交通時)。選擇性右心室造影，還可發現三尖瓣反流，右心室流出道狹窄或擴張。
