心髒粘液瘤本身並無手術禁忌，但有下列情況之一者，不宜單獨作粘液瘤手術切除。
1.惡病體質
由心髒粘液瘤以外的惡性腫瘤所引起，而後者又不宜同期手術切除者。
2.播散性結核感染尚未控制者
3.心髒粘液瘤末期病例
瀕於死亡狀態，不堪承受體外循環心內直視手術負擔者(須待搶救病情趨穩後)。
4.體內尚有嚴重化膿性感染病灶未能加以清除控制者。
5.並存復雜先天性心血管畸形和(或)肺部器質性高壓病變無法用常規手術方法予以矯治者(應考慮心髒移植或心肺移植)。
輕度心衰(心率快)、貧血、血沉快、高熱如非別的因素引起，而系心髒粘液瘤本身所致者，並非粘液瘤切除的手術禁忌。
已有的動脈栓塞及其後遺症、合並存在心內膜炎也非心髒粘液瘤的手術禁忌。
