低HDL-膽固醇血症常見於肥胖、吸煙、缺乏運動的人，因此，對於HDL-膽固醇水平降低者，應強調以公共衛生措施為主的一線治療，即鍛煉身體、戒煙、減肥。運動鍛煉可以有效地提高血清HDL-膽固醇水平。其次應治療引起HDL-膽固醇水平降低的原發疾病，如腎病綜合征、糖尿病等。
當冠心病患者低密度脂蛋白-膽固醇水平增高伴低HDL-膽固醇血症需采用降脂治療時，應該選用能升高HDL-膽固醇的藥物，例如煙酸。如果病人不能耐受煙酸的副作用，還可以選用他汀類藥物，這類藥物有輕度升高HDL-膽固醇的作用。高甘油三酯血症伴低HDL-膽固醇血症需要治療時，也應首選煙酸。孤立性低HDL-膽固醇血症伴高血壓存在時，不宜選用能降低HDL-膽固醇的藥物，如β-受體阻滯劑，而改用不影響HDL-膽固醇水平的藥物，如血管緊張素轉換酶抑制劑、長效鈣拮抗劑。孤立性低HDL-膽固醇血症而無其它血清脂質異常時，不推薦使用升高HDL-膽固醇的藥物做為冠心病的一級預預防。
