治療尿路結石從兩方面考慮，一是治療原發病如代謝紊亂、感染或已存在的解剖因素；另一方面是處理結石的並發症即梗阻，感染。最簡單而有效的是大量飲水，稀釋尿可延緩尿石生長及防止尿石再發，有感染時大量飲水多可促進引流。
改變尿ｐＨ也可防止結石復發，胱胺酸更易溶於ｐＨ在７．５以上的尿液中，蘇打及枸橼酸鈉可鹼化尿液。別嘌呤醇口服可減少尿酸及２，８-雙羟腺嘌呤的產生，故對控制該類結石復發有效。
既往手術適應證為：①結石過大，估計不能從尿路排出者；②伴發腎積水、感染，引致腎功能減退者；③經常發生嚴重疼痛及大量血尿，影響健康者；④急性梗阻性無尿或少尿；⑤經長期施用非手術療法無效者。
對於輸尿管結石，針刺和中藥治療效果都較好。在梗阻或感染較重的病例以及結石較大，用上法不能排出結石時，仍應考慮輸尿管切開取石術。
較小的膀胱結石，可試用中藥化石及抗感染治療。如結石較大，則應做恥骨上膀胱切開取石及造瘘。近年來小兒腎結石多可經體外震波碎石處理；經內腔鏡、經皮取石在小兒應用較受限。
