1999年9月在昆明召開的全國小兒心肌炎、心肌病學術會議上，中華醫學會兒科分會心血管學組與中華兒科雜志編輯委員會的專家討論通過了新的《小兒病毒性心肌炎診斷標准》，具體標准如下：
一、臨床診斷依據
(一)心功能不全、心源性休克或心腦綜合征。
(二)心髒擴大(X線、超聲心動圖檢查具有表現之一)。
(三)心電圖改變：以R波為主的2個或2個以上主要導聯(I、II、aVF、V5)的ST-T改變持續4天以上伴動態變化，窦房傳導阻滯、房室傳導阻滯，完全性右或左束支阻滯，成聯律、多形、多源、成對或並行性早搏，非房室結及房室折返引起的異位性心動過速，低電壓(新生兒除外)及異常Q波。
(四)CK-MB升高或心肌肌鈣蛋白(cTnI或cTnT)陽性。
二、病原學診斷依據
(一)確診指標：自患兒心內膜、心肌、心包(活檢、病理)或心包穿刺液檢查，發現以下之一者可確診心肌炎由病毒引起。
1.分離到病毒。
2.用病毒核酸探針查到病毒核酸。
3.特異性病毒抗體陽性。
(二)參考依據：有以下之一者結合臨床表現可考慮心肌炎系病毒引起。
1.自患兒糞便、咽拭子或血液中分離到病毒，且恢復期血清同抗體滴度較第一份血清升高或降低4倍以上。
2.病程早期患兒血中特異性IgM抗體陽性。
3.用病毒核酸探針自患兒血中查到病毒核酸。
三、確診依據
(一)具備臨床診斷依據2項，可臨床診斷為心肌炎。發病同時或發病前1-3周有病毒感染的證據支持診斷者。
(二)同時具備病原學確診依據之一，可確診為病毒性心肌炎，具備病原學參考依據之一，可臨床診斷為病毒性心肌炎。
(三)凡不具備確診依據，應給予必要的治療或隨診，根據病情變化，確診或除外心肌炎。
(四)應除外風濕性心肌炎、中毒性心肌炎、先天性心髒病、結締組織病以及代謝性疾病的心肌損害、甲狀腺功能亢進症、原發性心肌病、原發性心內膜彈力纖維增生症、先天性房室傳導阻滯、心髒自主神經功能異常、β受體功能亢進及藥物引起的心電圖改變。
同時專家提出：對本診斷標准不能機械搬用，有些輕症或隱匿性經過者易被漏診，應該根據心電圖等輔助檢查作出診斷。
對於有發熱、全身酸痛、咽痛、腹瀉、頭暈、疲倦等小兒病毒性心肌炎的前驅症狀要特別重視，應該做到防病於未然。特別是隱匿型心肌炎，沒有明顯的呼吸道和腸道感染的前驅症狀，常在勞累後出現身體不適，去醫院檢查時，才發現心髒擴大、心功能減退。對患兒的威脅最大，要引起臨床醫生的重視。
