通常自出現臨床症狀就診至確診時75%的肺動脈高壓病人已屬於肺動脈高壓功能Ⅲ、Ⅳ級，平均誤診時間長達2-3年。
A、呼吸困難：肺動脈壓增高較明顯時，首先出現活動後呼吸困難。絕大多數病人主訴呼吸困難逐漸發生，但進展甚快，在數月至數年內可明顯喪失勞動能力。呼吸困難的發生與心排血量減少、肺通氣/血流比值不均和每分鐘通氣量下降有關。隨病情進展，呼吸困難在不活動時也可出現，可伴乏力、活動耐力下降，由於常不伴其他心肺疾病的病灶易被誤診。
B、暈厥和乏力：1/3以上病人可因心律失常或血流動力學的改變，而發生勞力性眩暈或暈厥。通常與右室擴張、室間隔左移、左室容積減少、射血量下降有關，表現為一過性意識喪失，甚至猝死。暈厥多於活動後發生，休息時有時也可發生，這與腦組織供氧突然減少有關。以下因素可誘發：a。肺血管高阻力限制運動心排血量的增加：b。低氧性靜脈血突然分流向體循環；c。體循環阻力突然下降；d。肺小動脈突然痙攣；e。較大的血栓栓子突然堵塞肺動脈；f。突發心律失常，特別是心動過緩。此外，全身乏力也為常見症狀，其原因與心排血量減少、氧交換障礙和氧運輸減少所致的組織缺氧有關。
C、胸痛、咯血和雷諾現象：因右室肥厚、血流灌注不足、心內膜下缺血，可引起胸痛及心絞痛。胸痛的發生率40%。部分病人尚有咯血，咯血可能系肺泡毛細血管瘤破裂所致，雷諾現象通常見於女性病人，如出現常提示預後不佳。
