機體感染病毒後，引起病”毒血症”，進而入侵全身器官或中樞神經系統，也”可由”病毒直接侵犯中樞神經系統而發病。引起病毒性”腦炎”的病毒可以是腸道病毒、腮腺炎病毒、乙型腦炎病毒、”單純疱疹”病毒等等。當這些病毒侵入中樞神經系統後會引起神經細胞的炎症、”水腫”、壞死等改變，出現一系列症狀，並對生命造成威脅。當炎症波及腦膜時，則稱為”病毒性腦膜腦炎”。
很多病毒都可以引起腦炎，其中最為常見的病毒，即”柯薩”奇病毒和埃可病毒，其他有單純疱疹病毒，”水痘”-病毒、腮腺炎病毒、風疹病毒、麻疹病毒、EB病毒等。巨細炎多數為胎內感染，後天性僅見於免疫功能缺陷兒。
腸道病毒在局部淋巴組織復制，疱疹病毒、麻疹和風疹病毒等在黏膜復應後侵入血流播散至多個器官。在器官組織大量復制，再次進造成第二次病毒血症。水痘-帶狀疱疹病毒則可沿神經元直接神經系統。病毒入侵腦組織大量復制增殖可直接破壞神經細陉損傷的主要機制，由此也可激發宿主反應損傷神經系統，如血管周圍炎、血管壞死和內皮增生等。
腸道病毒主要經糞-口途徑傳播，少數通過呼吸道分泌物傳播；大部分病毒在下消化道發生最初的感染，腸道細胞上有與腸道病毒結合的特殊受體，病毒經腸道人血，產生病毒血症，再經脈絡叢進入腦脊液侵犯腦膜，引發腦膜炎症改變。
