遺傳缺陷引起發病的機制有以下設想：
1、兒茶酚胺與交感神經系統異常，其證據為本病易伴發神經嵴組織疾病、甲亢或胰島素分泌過多、高血壓，用β受體阻滯劑有效。 2、胎兒期室間隔不成比例的增厚與心肌纖維排列不齊，在出生後未正常退縮。 3、房室傳導過速導致室間隔與左室游離壁不同步激動和收縮。 4、原發性膠原異常引起異常的心髒纖維支架，使心肌纖維排列紊亂。 5、心肌蛋白合成異常。 6、小冠狀動脈異常，引起缺血，纖維化和代償性心肌增厚。 7、室間隔在橫面向左凸而在心尖心底軸向左凸（正常時均向左凹），收縮時不等長，引起心肌纖維排列紊亂和局部肥厚。至於無家族或遺傳證據的散發型病例，其發病機制尚不清楚。
肥厚型梗阻性心肌病的病變原因
病變以心肌肥厚為主，心髒重量增加。心肌肥厚可見於室間隔和游離壁，以前者為甚，常呈不對稱（非同心）性肥厚，即心室壁各處肥厚程度不等部位以左心室為常見，右心室少見。室間隔高度肥厚向左心室腔內突出，收縮時引起左心室流出道梗阻者，稱為“肥厚性梗阻性心肌病”，舊稱“特發性肥厚性主動脈瓣下狹窄”；室間隔肥厚程度較輕，收縮期未引起左室流出道明顯梗阻者，稱為“肥厚性非梗阻性心肌病”。前乳頭肌也可肥厚，常移位而影響正常的瓣膜功能。心肌高度肥厚時，左心室腔減小。不成比例的心肌肥厚常使室間隔的厚度與左心室後壁厚度之比≥1.3，少數可達3。
有一種變異性肥厚性心肌病，以心尖區的心肌肥厚較著。此型的心包下冠狀動脈正常，但心室壁內冠狀動脈數增多而管腔狹窄。顯微鏡下見心肌細胞排列紊亂，細胞核畸形，細胞分支多，線粒體增多，心肌細胞極度肥大，細胞內糖原含量增多，此外，尚有間質纖維增生。電鏡下見肌原纖維排列也紊亂。2/3患者二尖瓣葉增大增長，與二尖瓣前葉相對處的左室內膜壁上有一纖維斑塊是二尖瓣與室間隔碰擊所致。各年齡均可發生本病，但心肌肥厚在40歲以下者比40歲以上者嚴重，此種肥厚與年齡的關系原因未明。隨病程發展，心肌纖維化增多，心室壁肥厚減少，心腔狹小程度也減輕，呈晚期表現。
