房間隔缺損的症狀隨缺損大小而有區別，小型缺損，左向右分流量少者可長期無症狀，小兒活動量正常。大型缺損患兒左向右分流量大，症狀發生較早，並隨年齡增長會更明顯，可表現為活動後氣急、乏力等，生長發育多落後於同齡正常小兒，並易患呼吸道感染、肺炎等內科疾病，嚴重者早期發生心力衰竭。房間隔缺損的治療主要是通過施行外科手術來進行。
房間隔缺損還可出現罕見的嚴重並發症，即腦膿腫和矛盾性血栓，造成髒器動脈栓塞。一般而言，房間隔缺損治療應在三歲左右進行。有的新生兒房間隔缺損患兒在1-3歲內有自己閉合的可能性，因此在3歲內一般建議繼續觀察。每半年左右復查心髒彩超，在新生兒房間隔缺損患者3歲時根據檢查的結果來選擇房間隔缺損的治療方案。
新生兒房間隔缺損多發於女性，與男性發病率之比約為2：1。根據房間隔缺損的大小和左向右分流量的多少需采取不同的治療對策。
1、有較大量左向右分流的患兒在施行手術之前常合並肺炎和心力衰竭等內科疾病，此時需進行內科治療，如積極用抗生素控制肺炎、呼吸道感染；有心力衰竭者應進行抗心衰治療，使用地高辛，利尿劑及擴張血管藥物等。
2、對有較大量左向右分流的房間隔缺損患兒，又無內科合並症時則需手術治療。一般采用體外循環下修補房間隔缺損。尤其近30年來我國心髒外科發展迅速，技術日趨成熟，對房間隔手術矯正畸形療效滿意。手術適宜年齡為2~5歲。
3、近年我國開展了用不開胸的方法治療房間隔缺損的新技術，通過使用心導管關閉房間隔缺損，也就是心導管用微型折傘關閉房間隔缺損已獲成功，給房間隔缺損患兒帶來了福音。
4、對無症狀的房間隔缺損，即在醫學上稱小型缺損者，因無明顯血液動力學改變（左至右分流量少），多不需手術治療，但必須定期到醫院檢查心髒。
