但總體而言，誘發肺動脈高壓的具體機制還不清晰。移植治療是近年來一項先進的治療手段，1982年美國首先成功將肺移植應用於特發性肺動脈高壓的治療中。如今，移植治療只針對於藥物或手術無效的肺動脈高壓患者中。移植方法包括單肺移植、雙肺移植、活體肺葉移植和心肺聯合移植。
單肺移植：操作簡單，時間短，缺血時間和心肺體外循環時間短於雙肺和心肺移植，但通氣血流不匹配和高度再灌注損傷發生率較高；
雙肺移植：移植後血流動力學較好，少有通氣灌注不匹配，且圍手術期並發症較少，且比單肺移植術後患者生存時間長。但由於缺血時間和心肺體外循環時間較長，增加了潛在死亡率；
心肺移植：只有一個呼吸道的吻合，基本上沒有血管並發症，而且血流動力良好。但供體器官短缺，患者等待時間較長，因此易對整體存活率造成不利影響。
雖然上述移植治療後，患者血流動力學和功能恢復比較滿意，並可以逆轉右心室功能損害，且大多數存活者身體一般狀況良好，日常生活可以完全自理。但由於移植治療風險較大，移植後患者自身的免疫系統會對移植的器官產生排斥反應，因此進行移植的患者需長期服用免疫抑制劑。
此外，迄今為止移植的遠期療效尚不太理想。其1年存活率約70%，2年存活率約62%，平均存活時間4年。且無論采用單肺移植還是雙肺移植，患者的存活時間長短都無明顯差別。因此，肺移植和心肺聯合移植術，僅在嚴重特發性肺動脈高壓患者中使用。
