感染性心內膜炎比較常見，內科保守治療效果差，一旦確診在藥物治療效果不明顯的情況下，應積極考慮手術治療，常可挽回患者生命。亞急性感染性心內膜炎（SBE）較急性感染性心內膜炎更常見，常因患者病程長、全身情況差、抗菌素應用種類多至細菌耐藥性強而療效不好。
(1)手術時機及手術指征：
心力衰竭是感染性心內膜炎患者死亡的主要原因，也是最重要的手術指征。心力衰竭取決於瓣膜受累或其他病變的損害程度。內科抗感染治療無效或心力衰竭不能控制時，應積極考慮外科手術。在感染未能有效控制期間手術，術後可能再次感染，但心力衰竭持續發展將直接威脅患者生命，故選擇適當時機進行手術干預，才可能保證患者生命安全。盡量避免術後感染是外科治療的基本原則，不能因片面強調術前抗感染治療而延誤手術時機，因為有時只有手術治療能治愈本病。持續保守治療，患者可能會因此而喪失生命。下列情況出現時，應積極手術治療：①超聲心動圖檢查發現贅生物，明確瓣膜穿孔或贅生物導致瓣膜狹窄或關閉不全。②左心系統內贅生物引起體循環栓塞或右心內贅生物引起肺栓塞。③主動脈瓣周圍膿腫形成伴發房室傳導阻滯。④主動脈受累，出現假性動脈瘤。⑤瓣膜置換術後繼發感染性心內膜炎，感染嚴重，藥物不易控制，引起人工瓣功能障礙或瓣周漏、瓣周膿腫等。⑥耐藥細菌或真菌引起的感染，但術後如仍存在感染，預後不佳。⑦先心病如室缺、法洛四聯症、肺動脈狹窄等均可發生SBE，應積極手術治療。
(2)術前准備：
同其他心髒手術，術中需准備做血和贅生物等組織的細菌培養，以便選用合適的抗生素。
(3)手術方法：
感染性心內膜炎的手術目的是，徹底清除所有感染或壞死組織，清除贅生物及與其相連的組織，切開膿腫；修復或替換受損的瓣膜，以恢復瓣膜功能，同時矯正心髒的其他病變或感染並發症。感染性心內膜炎手術的關鍵是，必須徹底切除所有感染組織,修復好心內病變。手術方法包括病灶清除後瓣膜成形和病灶清除後瓣膜替換術兩大類。根據不同瓣膜及受損瓣膜的具體情況，選擇相應的術式。
二尖瓣病變：
應盡可能做二尖瓣成形術，二尖瓣成形術的效果取決於對瓣膜形態和功能改變的估計，以及所采取的手術方式。首先必須切除感染炎性組織；二尖瓣前葉缺損可用自體心包修復；二尖瓣前葉游離邊緣缺損，可將後葉腱索轉移至前葉；二尖瓣後葉缺損，可視病變范圍大小，修整瓣葉後直接縫合，也可用自體心包修補成形，如無法成形，瓣膜置換仍是治療感染性心內膜炎的主要方法。二尖瓣置換方法簡便，療效可靠，遠期療效優於內科治療。
主動脈瓣病變：
主動脈瓣感染心內膜炎後，除瓣葉組織損害之外，還經常在瓣環附近形成膿腫，難以施行成形術，必須施行主動脈瓣置換，常見的有主動脈瓣周膿腫和主動脈瓣上膿腫。瓣周膿腫多損傷主動脈瓣環和二尖瓣前葉；主動脈瓣上膿腫可向主動脈壁外突出，形成假性動脈瘤，隨時有主動脈大出血的危險，應在清除感染組織後修補主動脈壁缺損。最為嚴重的是主動脈根部膿腫，感染可累及主動脈瓣葉、瓣環和升主動脈，甚至心髒支架結構，應在徹底清除病灶後采用低溫保存的同種帶瓣主動脈或人工帶瓣外管道行主動脈根部替換，然後移植左右冠狀動脈。手術應避免損傷傳導束。
三尖瓣損害：
三尖瓣區心內膜炎，病變多局限於瓣葉，應爭取做瓣膜成形術。在西方國家，由於吸毒所致的右心感染，三尖瓣往往損害很重，需行三尖瓣置換。靜脈系統感染或心導管檢查、安置起
搏器，也可導致三尖瓣感染性心內膜炎，應根據病情選擇合適的手術方式。
心髒手術後繼發性心內膜炎：
心髒手術後繼發性心內膜炎，再次手術開胸應格外小心，可用搖擺鋸鋸開胸骨，牽開後，用電刀游離心包粘連。當懷疑主動脈病變時，要考慮到升主動脈切口感染的可能性。因此，應常規消毒股動脈皮膚，必要時經股動脈插管建立體外循環，以防再次開胸或建立體外循環時發生意外。人工瓣膜心內膜炎是瓣膜置換術後的一種嚴重並發症，根據發生時間分為早期人工瓣心內膜炎和晚期人工瓣心內膜炎。早期人工瓣心內膜炎可能與術中、術後無菌操作不嚴格有關；晚期人工瓣心內膜炎與牙齒、泌尿生殖系感染有關。
病理改變依所選人工瓣種類不同而異。生物瓣感染多先累及瓣葉，可造成瓣葉撕裂、穿孔。機械瓣感染則多起自縫合環，可形成瓣周膿腫，引起瓣環潰爛，造成嚴重瓣膜關閉不全。感染微生物多是真菌或革蘭氏陰性菌，易出現栓塞症狀，保守治療效果差，且容易復發。無論生物瓣或機械瓣，只要有感染性心內膜炎表現，均應盡早再行瓣膜置換術。生物瓣與機械瓣術後發生感染的機率相近，一般認為同種主動脈瓣抗感染的性能較好，可根據患者情況選用相應的瓣膜。
各種先天性心髒病手術中或術後污染均可能導致血行感染和心內膜炎，特別是心髒復雜畸形矯治後，患者抵抗力低下，恢復時間長，易合並心內感染，如藥物不能控制造成切口感染，縫線撕脫，或心內出現贅生物，各心腔間異常交通，心功能不全，應積極手術治療。
