隨著醫學的進展，先天性心髒病的手術時間不能以年齡的大小和手術的耐受性而定。
一般先天性心髒病極少有自然恢復的，大多數都應該早期施行先天性心髒病手術治療。有的則隨著年齡的增大，並發症會漸漸增多，病情也逐漸加重。即使沒有症狀，也不要遲疑。
若不治療，有的並發內膜炎、栓塞、出血、高血壓，危及生命。因此，先心病手術的最佳時間應該根據患兒的詳細病情而定。
最通常的先天性心病室間隔缺損、房間隔缺損、動脈導管未閉等，其手術的時間要視缺損的大小而定，如缺損大，分流量大，肺充血嚴重，經常伴有心衰、肺炎等並發症，肺動脈高壓較重，應及早手術，手術可在嬰兒期（1歲以內）甚至新生兒期內進行。
對紫绀型先心病，如法洛四聯症、肺動脈閉鎖等，如有缺氧嚴重，也應在嬰兒期手術（1歲以內），不符合根除條件的患兒則先作姑息性手術以拯救生命。
對於嚴重的心血管畸形，如完全性大動脈轉位合並肺動脈高壓、完全性肺靜脈異位引流、共同動脈干、主動脈弓中斷等少見復雜畸形，更應趁早爭取手術（能夠在出生後數小時內進行）。
