1、一般治療
包括治療原發病、維持生命功能和處理並發症。一般治療與腦血栓形成相同，頸內動脈或大腦中動脈栓塞可導致大面積腦梗死，引起嚴重腦水腫和繼發腦疝，小腦梗死也易發生腦疝，腦梗死的治療應積極脫水、降顱壓治療，必要時需行大顱瓣切除減壓術。心房顫動患者可用抗心律失常藥物治療；心源性腦栓塞發病後數小時內可用血管擴張劑罂粟鹼，或尼可占替諾600—900mg靜脈滴注，可收到較滿意療效；也可采用腦保護性治療。
2、抗血小板聚集劑
阻止血小板的聚集，有助於預防心內新血栓的形成，防止血管內血栓繼續增殖擴展，故在腦栓塞發病後就必須重視使用抗血小板聚集劑。通常可選用阿司匹林、雙嘧達莫（潘生丁）、磺吡酮（苯磺唑酮）等。阿司匹林在體內能抑制血小板的許多功能，包括二磷酸腺苷等的釋放反應，自發性的血小板凝聚和前列腺素G2在血小板內的合成等。劑量為50～75mg，每日1次，飯後服。服用時需觀察胃腸道反應，潰瘍患者禁用。婦女患者服用此藥效果不好。右旋糖酐40（低分子右旋糖酐）可對抗血小板的凝聚，減低血液黏稠度和改善微循環，但高分子化合物能增加血容量，對心髒病或腎病患者應減少一半劑量應用，以免引起心力衰竭。
3、抗凝及溶栓治療
應用抗凝及溶栓療法，比動脈粥樣硬化性腦梗死的適應證更嚴格，考慮溶栓劑易發生出血的並發症，應特別慎用。由於臨床上心源性腦栓塞最多見，為預防心內形成新血栓以杜絕栓子的來源，同時防止腦血管內的栓子或母血柃繼續增大，以避免腦梗死范圍擴大，多采用抗凝治療。對慢性風濕性心髒病伴心房顫動者，較K期用有助於防止腦栓塞再發，且有預防心髒手術並發腦栓塞的作用。有人主張對心肌梗死所致者只短期使用，通常為6個月或更短即可。炎症性病變所致的腦栓塞，如亞急性感染性心內膜炎等，禁忌應用。
通常在嚴格觀察出、凝血時間，凝血酶原活動度和時間的條件下，腦梗死的治療先給予肝素鈣（低分子肝素）治療，也可選用新雙香豆素，劑量應隨時調整。最近證據表明，腦栓塞患者抗凝治療導致梗死區出血，很少給最終轉歸帶米不良影響。
