手術危險性極低，成功率在99%以上，與闌尾切除術相當。手術後遠期效果好，與正常人一樣。常見的紫绀先心病 如法樂四聯症的危險性也不高。其它的復雜先心病 的手術成功率90%以上。非常復雜先心病手術後多數也能達到生活自理。一般輕微的先心病手術後照樣養兒育女，甚至有許多復雜畸形矯治術後，在醫師的指導下一樣妊娠分娩。
心胸醫院專家指出：先心病不經治療，到一歲時有一半死亡，到兩歲時三分之二死亡。並且畸形越復雜，病情越重死亡越多，死亡越早。嬰幼兒期病情進展快，如室間隔缺損等左向右分流的病例，易並發肺動脈高壓。並發輕到中度肺動脈高壓時，尚可爭取手術治療，但當發展到重度肺動脈高壓時，則失去了手術機會，不能進行手術治療。因此，早發現，早診斷，早治療是降低先心病自然死亡率及手術死亡率，提高手術治療效果的關鍵。不同的病種手術的最佳時機不同，但總的原則是盡早。
在先心病的分類中，簡單先心占到了總比例的80%以上，對於先心病的治療，年齡因素的考慮是一方面，更主要的還是根據病變類型、病情發展和對孩子發育狀況的影響等綜合考慮。在這個問題上，一定要聽從專科醫生的建議。目前，臨床上對簡單先心的治療主要有以下3種方式：
外科開胸手術是主要治療手段。傳統的外科開胸手術治療是主要治療方式，它一般適用所有簡單先天性心髒病及復雜先天性心髒病，例如：合並肺動脈高壓的先天性心髒病、法樂氏四聯征以及其他有紫绀現象的心髒病。
相對於其他手術方式，開胸手術費用較低，住院時間7-10天左右，但手術創傷較其他方式大，術後恢復較慢。目前上海遠大心胸醫院已為近12000例先心患兒進行心外科修補手術。
介入封堵的特點為創傷小適應症嚴格。介入封堵手術是近幾年發展起來的一種新型微創治療，它依靠齊全的設備、先進的導管室、技術熟練精湛的專科醫師，主要適用於動脈導管未閉、房間隔缺損及部分室間隔缺損不合並其他需手術矯正的畸形患兒。
