病毒性心肌炎80％能痊愈，5％～20％可遺留心髒擴大及心電圖異常而致慢性心肌炎或後遺症，<5％患者因急性心衰、嚴重心律失常或心源性休克而死亡。
病毒性心肌炎的病理改變及臨床表現差異很大，因此其轉歸和預後也很不一致。病毒性心肌炎預後大致可分為以下幾類。
(1)重型或暴發型病毒性心肌炎：患者起病急，病勢凶險。往往1個月內會出現充血性心力衰竭、心源性休克、持續惡性室性心律失常發作、阿一斯綜合征、急性心包炎或急性腎功能衰竭等表現，也可引起猝死或因搶救無效死亡，死亡率報道為5％～20％，嬰幼兒中有時可高達50％。
(2)輕、中型病毒性心肌炎：這類患者預後較好，雖然急性期可有明顯的臨床表現，但經治療後一般能較快恢復，有的甚至未經特殊治療也能恢復。少數患者恢復後可能仍遺留有部分心電圖異常，但隨著時間推移可逐漸減輕或消失，即使長時間遺留期前收縮也並不影響生活與工作。少數亞臨床型患者，經一段無症狀期或病情反復，可能發展為“擴張型心肌病”。
(3)慢性心肌炎或心肌炎後擴張型心肌病：指急性或隱匿起病後病情繼續發展，出現心髒逐漸擴大或室壁瘤形成，心功能進行性惡化，或症狀反復發作，最終導致擴張型心肌病表現者。病毒性心肌炎有很長的平台期，約10％～20％的患者可以發展為慢性心肌炎，其中一小部分患者最後發展為擴張型心肌病。一旦進展為擴張型心肌病，一半的患者在確診2年後死亡，最有效的治療方法是心髒移植。
(4)兒童病毒性心肌炎：大多數患兒經適當治療後均可在較短時問內恢復正常，病死率不高。病死者多為年齡小的新生兒或嬰幼兒，死因多為嚴重並發症。約30％～40％的人可遺留各種心律失常，窦性心動過緩、電軸偏移或i度房室傳導阻滯可長期存在。
兒童急性心肌炎轉為遷延性或慢性可能與以下因素有關：①急性期休息不充分；②治療不適當；③反復的病毒感染；④急性期病情較重，伴有心髒擴大和心功能不全，恢復期又未注意休息和長期監測；⑤年齡因素：年齡愈小預後愈差。
