病毒性心肌炎雖無特效療法，但多數病人經過一段時間休息及對症治療後能自行愈。心肌炎的治療針對兩方面，病毒感染和心肌炎症。治療包括以下幾點：
一、充分休息、防止過度勞累
本病一經確診，應立即臥床休息，休息的目的是減輕心髒負擔，防止心髒擴大，如果心髒已擴大，經嚴格臥床休息一段較長時間後，大多數能回縮，早期不重視臥床休息，可能導致心髒進行性擴大和帶來後遺症，反而得不償失。過度勞累一方面增加心髒負荷，另一方面可誘發心力衰竭和心律失常，甚至猝死。臥床休息應延長到症狀消失，心電圖恢復正常，一般需3個月左右，心髒已擴大或曾經出現過心功能不全者應延長至半年，直至心髒不再縮小，心功能不全症狀消失後，在密切觀察下逐漸增加活動量，恢復期仍應適當限制活動3～6個月。
二、藥物治療
1、應用改善心肌細胞營養與代謝藥物：該類藥物包括維生素C、維生素B、輔酶A或肌苷，每天肌內注射或靜脈注射；細胞色素C，每天靜脈注射，該藥應先皮試，無過敏者才能注射。三磷腺苷或三磷酸胞苷肌內注射。輔酶Q每天口服或肌內注射及靜脈注。
2、腎上腺皮質激素：一般認為，腎上腺皮質激素對急性病毒感染應屬禁忌，因為激素可抑制干擾素的合成，促進病毒繁殖和炎症擴散，但臨床上也有應用激素治療有效的病例報告。目前多數學者主張病毒性心肌炎急性期，尤其是最初2周內，病情並非危急者不用激素。但短期內心髒急劇增大、高熱不退、急性心力衰竭、休克或高度房室傳導阻滯者，可試用地塞米松靜脈注射，待病情改善後改口服，並迅速減量至停，一般療程不宜超過2周。若用藥1周仍無效，則停用。對於慢性遷延不愈的病毒性心肌炎，自身免疫反應可能是發病的主要環節，可考慮用潑尼松，待病情改善後減量維持，維持量需用6個月至1年，以免因早期撤藥而復發。必要時可聯用免疫抑制藥，如硫唑嘌呤。
3、抗生素：抗生素雖無殺滅病毒作用，多主張使用廣譜抗生素，防止繼發性細菌感染，後者常是誘發病毒感染的條件，尤其是流行性感冒、柯薩奇及腮腺炎病毒的感染。
4、抗病毒藥物：目前各種抗病毒藥物的療效均不夠滿意，該類藥物能否進入心肌細胞殺滅病毒尚有疑問。
