窦性停搏需與窦房阻滯鑒別。
窦房阻滯是指窦房結產生的沖動部份或全部不能到達心房引起心房和心室停搏短暫的。窦房阻滯見於急性心肌梗塞、急性心肌炎、高血鉀症、洋地黃或奎尼丁類藥物作用以及迷走神經張力過高。慢性窦房阻滯的病因常不明，多見於老年人。基本病變可能為特發性窦房結退行性變，其它常見病因為冠心病和心肌病窦房阻滯。按其阻滯程度可分第一度、第二度和第三度，但只有第二度窦房阻滯才能從心電圖上作出診斷，心電圖表現為p波之間出現長間歇是基本p－p間期的倍數。窦性停搏則沒有這樣的倍數關系可據此進行鑒別診斷。有些病例可見文氏（wenckebach）現象與第二度房室傳導阻滯中的文氏現象相似，但表現為p－p間期而不是r－r間期進行性縮短，直至出現長間歇窦房阻滯後，可出現結性逸搏。很多病例中逸搏前的間歇相當長提示低位起搏點，亦同時有機能障礙。
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