（一）藥物治療
抗生素治療4～6周可以使本病死亡率減少30%～50%。用藥原則為：①早期應用，在連續送3～5次血培養後即可開始治療；②充分用藥，選用殺菌性抗微生物藥物，大劑量和長療程，旨在完全消滅藏於贅生物內的致病菌；③靜脈用藥為主，保持高而穩定的血藥濃度；④病原微生物不明時，急性者選用針對金黃色葡萄球菌、鏈球菌和革蘭陰性桿菌均有效的廣譜抗生素，亞急性者選用針對大多數鏈球菌(包括腸球菌)的抗生素；⑤已分離出病原微生物時，應根據致病微生物對藥物的敏感程度選擇抗微生物藥物。 1.對青霉素敏感的細菌(MIC＜0.1tzg/ml)：草綠色鏈球菌、牛鏈球菌、肺炎球菌等多屬此類。①首選青霉素1200萬～l800萬U/d，分次靜脈點滴，每4小時l次；②青霉素聯合慶大霉素lmg/kg靜注或肌注，每8小時l次；③青霉素過敏時可選擇頭孢三嗪(ceftrixone)2mg/d，靜脈注射或萬古霉素30mg/(kg·d)，分2次靜滴，(24小時最大量不超過2g)；所有病例均至少用藥4周。 2.對青霉素耐藥的鏈球菌：青霉素加慶大霉素，青霉素1800萬U/d，分次靜滴，每4小時l次，用藥4周，慶大霉素劑量同前，用藥2周。
3.腸球菌心內膜炎：①青霉素加慶大霉素，青霉素l800萬～3000萬U/d，分次靜滴，每4小時l次。慶大霉素用量同前，療程4～6周；②氨苄西林(ampicillin)12g/d，分次靜注，每4小時l次，慶大霉素劑量同前，用藥4～6周，治療過程中酌減或撤除慶大霉素，預防其毒副作用；③上述治療效果不佳或患者不能耐受者可改用萬古霉素30mg/(kg·d)，分2次靜脈滴注，療程4～6周。
4.金黃色葡萄球菌和表皮葡萄球菌(甲氧西林，methicillin敏感)：①萘夫西林(nafcil-lin)或苯唑西林(oxacillin)均為2g，每4小時l次，靜脈注射或點滴，用藥4～6周；治療初始3～5天加用慶大霉素，劑量同前。②青霉素過敏或無效者用頭孢唑啉(cefazolin)2g靜注，每8小時l次，用藥4～6周；治療初始3～5天加用慶大霉素。③如青霉素和頭孢菌素無效，可用萬古霉素4～6周。
5.金黃色葡萄球菌和表皮葡萄球菌(甲氧西林，methicillin耐藥)：萬古霉素治療4～6周。
6.其他細菌用青霉素、頭孢菌素或萬古霉素，加或不加氨基糖苷類，療程4～6周。革蘭陰性桿菌感染用氨苄西林2g，每4小時l次，或哌拉西林(peperacillin)2g，每4小時l次，或頭孢噻肟(cefotaxime)2g，每4～6小時l次，或頭孢他定(ceftazidine，頭孢氨噻肟)2g，每8小時l次，靜脈注射或滴注，加慶大霉素160～240mg/d，靜脈滴注；環丙沙星(ciprofloxacin)200mg，每l2小時l次，靜脈點滴也可有效。
7.真菌感染用靜脈滴注兩性霉素B，首日lmg，之後每日遞增3～5mg，直至25～30mg/d，總量3～5g，應注意兩性霉素的毒副作用。兩性霉素用夠療程後口服氟胞嘧啶100～150mg/(kg·d)，每6小時l次，用藥數月。
（二）外科治療
盡管有與日俱進的抗生素的治療，各種類型感染性心內膜炎的死亡率一直為10%～50%，有些嚴重心內並發症或抗生素治療無效的應考慮手術治療。
人工瓣膜置換術的適應症為：①嚴重瓣膜返流致心力衰竭；②真菌性心內膜炎；③雖充分使用抗微生物藥物，血培養持續陽性或反復復發；④雖充分抗微生物藥物治療，仍反復發作大動脈栓塞，超聲檢查證實的贅生物≥10mm；⑤主動脈瓣受累致房室傳導阻滯；心肌或瓣環膿腫需手術引流。
