環境原因
環境的或職業性地暴露於鉛、一氧化碳或某一化學物質。使用某些藥物或過量酒精攝入。缺乏睡眠、應激、或激素改變。停用某些抗憂郁和抗”焦慮”藥物。 遺傳原因
在不同的家族裡已發現有許多類型腦炎後遺症，並且有些家族被檢測出某一特殊基因異常。這些基因異常可導致人體內鈣、鉀、鈉以及其他其他化學物質代謝細微的改變。遺傳因素通常不是直接引發腦炎後遺症因，但會間接影響疾病發展。基因能影響患者藥物代謝途徑，或者可導致大腦局部神經元畸形。
顱”腦損傷”
顱腦損傷可以導致腦炎後遺症發作，如果顱腦損傷較嚴重，發作可能在近幾年就會發生。而如果損傷是輕微的，發作的危險就會比較小。
