由於特發性肺動脈高壓診斷非常困難，是一個排除性的診斷，要想確診，必須將可能引起肺動脈高壓的病因一一排除。
由於，特發性肺動脈高壓的最大特點就是無特異性的臨床體征，早期肺動脈壓輕度升高時多無自覺症狀，隨病情進展出現運動後呼吸困難、疲乏、胸痛、昏厥、咯血水腫等症狀。因此在排查中，最重要的是在查體過程中注意排除可引起繼發性肺動脈壓升高的疾病。如雖然特發性肺動脈高壓可出現紫绀，但是杵狀指在特發性肺動脈高壓中則非常少見，一旦出現往往提示先天性心髒病或肺靜脈閉塞病。
此外，出現肺內水泡音、呼吸音粗及呼吸音低，則分別提示肺淤血、肺纖維化及肺內滲出增多；而肺內濕羅音、肌肉收縮附加音、哮鳴音及呼氣時間延長提示肺實質或氣管病變。
肥胖、脊柱側凸及扁桃體肥大，提示肺動脈高壓患者可能合並氣道阻塞性疾病；硬皮病皮膚改變、皮疹、甲床下毛細血管異常、關節炎及皮膚紅斑，可提示結締組織病；外周靜脈血栓或栓塞提示靜脈血栓栓塞症及肺栓塞。
