1、肺動脈狹窄室間隔小缺損，尤其位於室上嵴和肺動脈瓣之間或肺動脈干下者，很易與肺動脈狹窄混淆，特別是瓣膜型狹窄。但後者的震顫和雜音的部位較高，肺動脈瓣區第二心音減弱，放射線照片顯示肺動脈狹窄後擴張和肺紋理減少。
2、動脈導管末閉有兩種情況不容易鑒別，一是高位窒間隔缺損合並主動脈瓣脫垂和關閉不全者，易與典型動脈導管未閉混淆。聽診前者為雙相收縮期和舒張期雜音，後者為連續性雜音；前者X線示主動脈結不明顯，後者主動脈結增大。二是動脈導管未閉伴有肺動脈高壓，僅有收縮期震顫和雜音者，與高位室間隔缺損鑒別較為困難。前者脈壓差較大，雜音位置較高，主動脈結顯著。較可靠的方法是超聲檢查、升主動脈及左室造影。
3、繼發孔型房間隔缺損低位房間隔缺損，其雜音可位於胸骨左緣第2肋間，聲音柔和像吹風樣，傳導局限，常伴肺動脈第二心音固定分裂。心電圖示不完全右束支傳導阻滯或右心室肥大，而無左心室肥大，額面QRS環多為順鐘向運行，主體部向右向下。V1導聯常呈rsR'。多普勒超聲心動圖可明確診斷。
4、完全性心內膜墊缺損症狀較室間隔缺損嚴重且更早出現嚴重的肺動脈高壓。在心尖部常可聽到由於二尖瓣反流而引起的收縮期雜音。超聲心動圖檢查可明確診斷。
5、法洛四聯症當患者肺動脈壓力重度增高，出現艾森曼格綜合征時，應與此類發绀型先天性心髒病相鑒別。
