個別亦有發生於原無心髒病的基礎上，本病病原多為條件性致病菌，如草綠色鏈球菌、白色葡萄球菌、產硷桿菌和腸球菌等。少數為霉菌感染，其中以念珠菌為多。感染途徑：草綠色鏈球菌感染常與口腔手術有關，腸球菌常發生於泌尿道手術或流產分娩後，葡萄球菌，革蘭氏陰性桿菌、霉菌感染常發生於心內手術後。
口腔局部手術、流產、分娩或泌尿道手術，心髒手術或呼吸道感染，細菌均可進入血流，由於機體防御機制，多不產生危害。但當細菌附著在已有病損的心瓣膜或心內膜時，則局部有血小板，纖維蛋白的沉積，包繞細菌，形成贅生物，吞噬細胞對細菌難以發揮吞噬作用，當贅生物破裂、脫落、細菌多次釋放入血流，形成反復慢性菌血症過程。 感染性心內膜炎有一定的好發部位，多發生於血流沖擊或局部產生渦流的部位，如二尖瓣關閉不全的心房面，主動脈瓣關閉不全的心室面，室間隔缺損的右心室面動脈導管未閉的肺動脈內膜面等。 亞急性感染性心內膜炎系慢性病程，贅生物上的細菌難以消滅，能長期生存，由於細菌毒力低，較少發生遷移性感染。基本病理變化有病損的心瓣膜或心內膜上有贅生物形成，贅生物由纖維蛋白，血小板及白細胞聚集而成，細菌隱藏於其中，該處缺乏毛細血管，較少吞噬細胞浸潤，因而藥物難以達到深部，且細菌難以被吞噬，此為細菌得以長期存在的原因。
贅生物所附著的瓣膜有炎性反應及灶性壞死，其周邊有淋巴細胞，纖維細胞及巨細胞浸潤。壞死細胞周圍有新生毛細血管，結締組織及肉芽組織，當炎症消退，贅生物纖維化，表面為內皮細胞所覆蓋，經治療痊愈的病例，三個月才能完全愈合，未治愈的病例，愈合與炎症反應交叉存在。贅生物大而易碎，脫落可致髒器及周圍動脈栓塞，如腎、腦、脾、腸系膜及四肢等，先心病並感染性心內膜炎病例，多並發肺栓塞，局部細菌滋長可使瓣葉產生潰瘍或穿孔，腱索及乳頭肌斷裂及細菌性動脈瘤。抗原－抗體復合物在腎血管球沉積，可發生腎血管球性腎炎，由於免疫反應引起小動脈內膜增生，阻塞及小血管周圍炎，表現為皮膚及粘膜的淤點，發生於手指、足趾末端的掌面，稍高於皮面，有壓痛，5－15mm大小，稱奧氏（Osler）結節，後掌及足趾有數毫米大小的紫紅色斑點，稱為Janeway氏結節。
大多數病例起病緩慢，低熱、乏力、疲倦，少數起病急，有寒戰、高熱或栓塞現象，部分患者起病前有口腔手術，呼吸道感染，流產或分娩的病史。
一、全身性感染發熱最常見，常呈原因不明的持續發熱一周以上，不規則低熱，多在37.5℃－39℃之間，也可為間歇熱或弛張熱，伴有乏力、盜汗、進行性貧血脾腫大，晚期可有杵狀指。
二、心髒表現固有的心髒病的體征，由於贅生物的增長或脫落，瓣膜、腱索的破壞，雜音多變，或出現新的雜音。若無雜音時也不能除外心內膜炎存在，晚期可發生心力衰竭。當感染波及房室束或室間隔，可引起房室傳導阻滯及束支傳導阻滯，心律失常少見，可有早搏或心房纖顫。
三、栓塞現象及血管病損
（一）皮膚及粘膜病損由感染毒素作用於毛細血管使其脆性增加而破裂出血，或微栓塞所引起。可在四肢以皮膚及眼硷結合膜、口腔粘膜成批出現瘀點，在手指、足趾末節掌面可出現稍高於表面的紫或紅色的奧氏（Osler）結節，也可在手掌或足部有小結節狀出血點（Janewey結節），無壓痛。
（二）腦血管病損可有以下幾種表現：
①腦膜腦炎類似結核性腦膜炎，腦脊液壓力增高，蛋白及白細胞計數增加，氯化物或糖定量正常。②腦出血有持續性頭痛或腦膜刺激症狀，系由於細菌性動脈瘤破裂引起。③腦栓塞病人發熱，突然出現癱瘓或失明。④中心視網膜栓塞可引起突然失明。
（三）腎栓塞最常見，約占1/2病例，有肉眼或鏡下血尿，嚴重腎功能不全常由於細菌感染後，抗原－抗體復合物在腎血管球內沉積，引起腎血管球性腎炎的結果。
（四）肺栓塞常見於先天性心髒病並感染性心內膜炎的病例，贅生物多位於右心室或肺動脈內膜面，發病急，胸痛，呼吸困難，咳血，紫绀或休克。若梗塞面積小，也可無明顯症狀。
此外，還可有冠狀動脈栓塞，表現為急性梗塞，脾栓塞有左上腹痛或左季肋部痛，有發熱及局部摩擦音。腸系膜動脈栓塞，表現為急腹症，血便等。四肢動脈栓塞可有栓塞肢體蒼白發冷，動脈搏動減弱或消失，肢體缺血疼痛等。
