1、進行性中樞性癱瘓
例如遺傳性痙攣性截癱、腦白質營養不良、顱內及脊髓腫瘤等。這些疾病所致的中樞性癱瘓應和痙攣型腦癱鑒別。由於此類疾病所致的癱瘓有進行性加重的特點，結合各自的臨床特征，不難鑒別。 2、錐體外系變性病 如蒼白球黑質變性、震顫麻痺綜合征、亨廷頓舞蹈病等，應與手足徐動型或其他類型的以錐體外系症狀為主的腦性癱瘓鑒別。但此類疾病起病一般較晚、病程呈進行性發展等特征與腦性癱瘓明顯不同。 3、嬰兒型脊髓性肌萎縮症 與肌張力低下型腦性癱瘓一樣，表現為肌張力低下。但前者的腱反射消失、肌萎縮發生較早且明顯、常伴肌束顫動等特點與腦性癱瘓不同。 4、嬰兒進行性脊髓性肌萎縮症 進行性脊髓肌萎縮症於嬰期起病，肌無力呈進行性加重，肌萎縮明顯，腱反射減退或消失，常用呼吸肌功能不全而反復患呼吸道感染，肌肉活組織檢查可助確診。 5、異染性腦白質營養不良 又名硫酸腦苷酯沉積病。患兒出生時表現為明顯的肌張力低下，隨病情的發展逐漸出現四肢痙攣、肌張力增高、驚厥、共濟失調、智力進行性減退等。基與腦癱的鑒別要點在於病情呈進行性發展，檢測血清、尿或外周血白細胞中芳香硫酸酶A的活性可確診。
6、與孤獨症相鑒別
有些孤獨症小兒行走時使用腳尖著地，有時誤認為是腦癱痙攣型。但體檢可發現跟腱不攣縮、足背屈無障礙，腱反射不亢進，無病理反射，這些特點都可與腦癱鑒別。
7、與三體綜合征相鑒別
又稱先天愚型、Down綜合征，是最常見的常染色體疾病。根據其特殊面容及異常體征一般診斷不難。但有些病例新生兒時期症狀不明顯，只表現活動減少，面部無表情，對周圍無興趣，肌張力明顯低下，肌力減弱，有時可誤認為是腦癱肌張力低下型，但本病膝反射減弱或難引出，這是與腦癱明顯的不同點，而且Moro反射減弱或引不出。確診本病可查染色體。
8、與先天性韌帶松弛症相鑒別
本病主要表現為大運動發育落後，尤其是獨自行走延緩，走不穩，易摔倒，上下樓費力。有時誤認為是腦癱，但本病主要表現為關節活動范圍明顯增大，可過度伸展、屈曲、內旋或外旋，肌力正常，腱反射正常，無病理反射，不伴有智力低下或驚厥。有時有家族史。隨年齡增大症狀逐漸好轉。
