養雞業專家們對這個問題已經做過很多研究，他們的結論是，人們覺得雞蛋好不好吃，取決於他們看到的蛋黃的顏色深淺，如果他們看到吃的是蛋黃顏色深的雞蛋，就會覺得好吃，反之就覺得不好吃。因為土雞蛋的蛋黃顏色通常比較深，所以人們會覺得土雞蛋好吃。但是如果在試吃的時候用一種特殊的光線照射讓人看不出蛋黃顏色的深淺，那麼人們就分辨不出來哪種雞蛋更好吃，分辨不出吃的是土雞蛋還是普通雞蛋。順便說一下，人們普遍覺得棕色殼雞蛋比白殼雞蛋好吃，所以土雞蛋都是棕色殼的，選的是那些下棕色殼雞蛋的雞品種（雞下什麼顏色的雞蛋，取決於雞的品種），其實這也是錯覺。所有的雞蛋吃起來都是一樣的，除非由於用了某種特別的飼料讓雞蛋有了“異味”，比如為了增加雞蛋中歐米伽3脂肪酸的含量，在飼料中加了魚油，這時候雞蛋就會有魚腥味。
所以你覺得土雞蛋好吃，乃是一個主觀錯覺。雞蛋是不是更健康倒是可以有非常客觀的標准。那麼土雞蛋是不是更健康呢？
土雞蛋除了下蛋的雞的品種可能不同，主要指雞是在農家環境下放養的，而普通雞蛋是工業化籠養的雞下的。所以這個問題可以轉化成，放養的雞下的蛋是不是比籠養的雞下的蛋更健康？
要比較兩種食品的健康程度，可以從兩方面入手：比較營養成分，看哪一種更富有營養；比較有害成分，看哪一種健康風險更小。
我們先來比較放養雞蛋和籠養雞蛋的營養成分。雞蛋的主要營養成分是蛋白質、脂肪、維生素、礦物質。有人對市場上的雞蛋做了抽查，得出結論說放養雞蛋的營養成分比籠養雞蛋高，甚至高得驚人，比如說放養雞蛋中維生素E的含量是籠養雞蛋的4倍。不過這項研究是一家提倡有機食品的組織做的，帶著偏見，沒有經過同行評議，是不可靠的。雞蛋的營養成分和雞的品種、下蛋雞的年齡、飼料等多種因素有關，本身變化就很大，這種市場抽查研究是很不嚴謹的。
美國北卡羅來納州立大學研究人員做了一項更嚴謹的研究，他們讓同一個品種的雞在同一時間孵化，接受相同的看管（例如光照、疫苗接種、補充飼料等都相同），唯一的差別是一組是放養的，一組是籠養的。結果發現它們下的雞蛋的維生素A、維生素E和膽固醇的含量是一樣的，但是放養雞蛋的總脂肪含量比籠養雞蛋的高，這並不是什麼好事。歐米伽3脂肪酸被認為是有益健康的“好脂肪”，它在放養雞蛋中的含量也比籠養雞蛋略高一些，一個占0.17%，一個占0.14%，很難說這點差別會有什麼營養價值。
這個研究沒有比較雞蛋的蛋白質含量。但是有另外的幾項研究都發現籠養雞蛋的蛋白質含量比放養雞蛋高。放養雞蛋也並非一無是處。有幾項研究都表明放養雞蛋中的類胡蘿卜素含量高於籠養雞蛋（這就是為什麼放養雞蛋的蛋黃顏色往往比較深，因為蛋黃顏色取決於類胡蘿卜素的含量）。如果要提高籠養雞蛋中的類胡蘿卜素含量，只要改進飼料配方，多加入類胡蘿卜素即可。所以總體來說放養雞蛋的營養成分並不比籠養雞蛋高，甚至可以說比較差。
我們再來比較兩種雞蛋的健康風險。雞蛋的健康風險首先要考慮的是它會感染某些對人體健康有害的微生物，特別是沙門氏菌。在雞蛋形成過程中，沙門氏菌能夠進入到雞蛋裡面。所以即使雞蛋沒有破裂、蛋殼經過消毒，並不等於雞蛋就是干淨無菌的。被沙門氏菌感染的雞蛋比例不高，美國的估計是大約只有0.005%的雞蛋被沙門氏菌感染，但是美國雞蛋年產量是700億個，這就意味著每年有350萬個雞蛋被沙門氏菌感染，對健康仍然是很大的威脅，人因為食用被沙門氏菌感染的雞蛋發生食物中毒乃至死亡的病例相當常見。在沙門氏菌導致的食物中毒事件中，75%和雞蛋有關系。
那麼放養雞蛋和籠養雞蛋哪一種更容易感染有害微生物呢？不幸的是，不同的研究出現了相互矛盾的結果，有的發現放養雞蛋有害微生物含量更高，有的發現籠養雞蛋有害微生物含量更高，有的發現二者無區別。有很多因素會影響有害微生物在雞群中的傳播，出現這種相互矛盾的結果並不奇怪。比如說，不管是放養雞還是籠養雞，如果雞群密度大、環境不衛生、周圍蒼蠅太多，那麼病原體就容易傳播。不過，從生物安全角度看，放養雞更難以控制，它們會接觸到昆蟲、野鳥、鼠類等野生動物這些有害微生物的宿主或載體，會接觸到受有害微生物污染的土壤、水源，是難以預防、控制的，風險要比在可控環境中飼養的籠養雞更大。
如果堅持不吃生雞蛋或半生不熟的雞蛋，那麼被病原體感染中毒的風險基本上就沒有了。但是還有一種健康風險不是通過有效的烹饪就能消除的，那就是雞在進食的時候會攝入一些環境毒素，而這些環境毒素會在雞蛋中積蓄下來，再被人吃下去。這些環境毒素包括重金屬、殺蟲劑以及有機污染物（例如二噁英）。這些環境毒素會在食物鏈中累積，被人吃下去後則很難被人體清除掉，也能在人體中累積，因此即使每次攝入的量很少，長期地攝入之後最終仍然能對人體產生不良影響，應該盡量減少對它們的攝入。
籠養雞的飼料是嚴格控制的，如果飼料、養殖設備不受污染，就不容易攝入環境毒素，一旦發現飼料、養殖設備受污染，也容易消除。而放養雞到處跑到處吃，與外界土壤和生物直接接觸，吃種子、吃蟲子、吃土，周圍有什麼就吃什麼，對它們的攝食是難以控制的，就很容易攝入環境毒素。所以理論上放養雞蛋中的環境毒素應該普遍高於籠養雞蛋，如果飼養環境受污染的話，含量就會高得驚人。
實際檢測的結果也是如此。其中研究最多的是二噁英類有機污染物，包括多氯二苯並二噁英（PCDD）、多氯二苯並呋喃（PCDF）和多氯聯苯（PCB）。這些有機污染物在環境中幾乎無處不在，進入生物體後難以清除。美國加州一項研究發現，在一家木材加工廠（使用了五氯苯酚作為木材防腐劑）附近放養的雞產下的雞蛋，二噁英的含量極高，其PCDD和PCDF的量是籠養雞的100倍。這些污染物來自受木材加工污染的土壤。這項研究證明了土壤中的二噁英能在雞蛋中積蓄。即使在未受嚴重污染的土壤放養的雞，甚至是在沒有工廠的農村放養的雞，其雞蛋中的二噁英含量仍然要比籠養雞高得多。
歐洲的一項研究表明，放養雞蛋中幾乎有10%其PCDD/F殘留超過了歐盟的最高限量（3皮克/每克脂肪），而籠養雞蛋都遠遠低於限量（95%低於0.83皮克/每克脂肪）。除了有機污染物，環境中的殺蟲劑和重金屬也能進入雞蛋中。巴西的研究發現，放養雞蛋中的DDT含量是同一地區籠養雞蛋的DDT含量的1000倍，雖然那個地區已經有9年沒有使用過DDT了，但是殘留在土壤和生物體中的DDT還是能跑到雞蛋裡去。比利時的研究則表明，放養雞蛋中鉛、汞、钴、铊等重金屬的含量比籠養雞蛋高了2～6倍，它們可能也是從土壤中來的。
所以土雞蛋並沒有更好吃，也不具有更高的營養價值，反而卻有更高的健康風險。偶爾吃吃是沒有關系的，但是花大價錢專門吃土雞蛋的確沒有必要，而且健康風險也加大了。
