原發性高血壓發病機理尚不清楚。通過大量實驗研究及臨床觀察證實原發性高血壓與遺傳密切相關。
小兒高血壓的病因學、病因不明者歸為原發性高血壓。近年來發現原發性高血壓並不少見，多為輕型高血壓，而嚴重高血壓在兒童期絕大多數是繼發性，應積極尋找病因，爭取去除病因，以求根治。
繼發性高血壓中腎髒實質病變最常見，約占80%左右。其中尤以各種類型的急、慢性腎小球腎炎(包括各種結締組織病所引起的腎髒病變)為多見，其次為慢性腎盂腎炎及其他先天性泌尿疲乏疾患。腎髒血管性疾患約占繼發性高血壓的12%左右，其中以腎動脈狹窄最常見。新生兒高血壓中93%為腎血管性疾患，與近年來較多地采用保留臍動脈導管引起臍動脈血栓有關。
也有報道因天熱腹瀉、喪失水分過多，血液濃縮而致臍靜脈血栓引起嬰幼兒高血壓。內分泌疾患引起高血壓者多為腎上腺疾病，如皮質醇增多症、嗜鉻細胞瘤等。神經母細胞瘤由於瘤細胞分泌兒茶酚胺類物質，是2歲以下嬰幼兒高血壓常見的病因。心血管系統疾患中主動脈縮窄是兒童時期高血壓常見原因，雖然國內發病數較國外為低，但必須警惕除外。大動脈炎則是國內兒童期嚴重高血壓常見的病因之一。此外，尚有神經系統疾患所致及重金屬鉛及汞中毒所致高血壓。
