對於較大的心髒上的缺損（俗稱有一個“孔”），及時治療存在共識。但隨著醫療條件的改善，很多很小的孔被醫生發現，是否需要治療眾說紛纭。
與室間隔缺損一般都會有心髒雜音不同，小的房間隔缺損經常是因為做心髒超聲檢查發現的，一般通過醫生聽診不能發現，即使有反復肺部感染或者其他不適，也不能用這個孔來解釋。
手術指征：
但一經確診，總會給家長或患者帶來很大的心理包袱,，甚至沒必要的恐慌。這時，他們常常面臨兩難選擇，做手術呢還是不做手術呢？
（1）約有5%嬰兒於出生後1年內並發充血性心力衰竭。內科治療效果不佳者需施行手術。
（2）1歲以上的繼發孔型房間隔缺損罕有自發性閉合者，對於無症狀的患兒，如缺損小於5mm可以觀察，如有右心房、右心室增大一般主張在學齡前進行手術修補。
（3）成年人如缺損小於5mm、無右心房室增大者可臨床觀察，不做手術。
（4）成年病例如存在右心房室增大可手術治療，合並有心房纖顫者也可同時手術，但肺血管阻力大於12單位、出現右向左分流和發绀者則禁忌手術。
手術方式選擇：
（1）介入手術
有一部分繼發孔房間隔缺損如位置合適，可行微創的經心導管介入治療。經股靜脈插管，將鎳钛合金的封堵器夾在房間隔缺損處，閉合房間隔缺損達到治療目的。不用開胸手術。
（2）經胸微創封堵手術
另外，近年來，越來越多的心髒外科醫生開始選擇經胸微創封堵手術方法。與介入封堵不同之處是介入路徑不同，一般選擇在胸骨正中或胸骨旁肋間切開2-3cm的小口，打開並懸吊心包，再置入封堵器。優點是不用開胸、介入路程短，避免血管損傷、避免X線輻射、術後恢復快等。
相比之下，經胸微創之與傳統介入手術，介入路徑更短，血管損傷小；在手術室行手術，避免了介入手術突發意外須緊急送入手術室行外科治療上的時間延誤。國內已相當一部分醫院已經開始選擇這種手術方式，部分醫院已開展多年。
（3）傳統開胸手術
繼發孔房間隔缺損常經胸骨正中入路於體外循環下直視修補，右前外側切口也可提供良好的手術顯露，但需排除合並有其他類型心髒畸形。小的繼發孔型房間隔缺損可直接縫合，如缺損大則需用心包片或滌綸補片修補。
靜脈窦型房間隔缺損修補較為復雜，一般經上腔靜脈直接插入引流管以增加缺損顯露，修補中必須辨別右上肺靜脈開口並避開窦房結，將補片縫於右肺靜脈入口前沿的右房壁上，以保證肺靜脈引流入左心房，如有必要則需補片加寬上腔靜脈入口，防止靜脈回流受阻。
年齡大的房間隔缺損病例術後窦性心動過緩發生率較高，可用異丙腎上腺素或阿托品增快心率，術中安置臨時起搏電極為有效措施。
建議：
1.幼兒0-3歲，除非缺損非常大，已經導致明顯的不良後果，需及時治療，一般都可觀察。在此，特別提醒，部分小缺損有自行愈合的可能，按時復查心髒超聲，沒准下次就是一個完美的答案。
2.3歲以上，缺損稍大可先考慮經皮介入或小切口封堵，若存在禁忌，再考慮開胸手術。
3.老齡患者，除非缺損明顯大，且已有導致右心負荷過大的明顯證據，可考慮不治療，因為手術風險相對大，可能風險超過手術帶來的好處。
4.合並嚴重肺動脈高壓，或已出現右向左分流，即艾森曼格綜合征，建議綜合評估，必要時至治療此情況經驗較豐富的醫生處診治。
