加劇高血壓
咖啡因因為本身具有的止痛作用，常與其他簡單的止痛劑合成復方，但是，長期大量服用，如果你本身已有高血壓時，使用大量咖啡因只會使你的情況更為嚴重。因為光是咖啡因就能使血壓上升，若再加上情緒緊張，就會產生危險性的相乘效果，因此，高血壓的危險人群尤其應避免在工作壓力大的時候喝含咖啡因的飲料。有些常年有喝咖啡習慣的人，以為他們對咖啡因的效果已經免疫，然而事實並非如此，一項研究顯示，喝一杯咖啡後，血壓升高的時間可長達１２小時。
誘發骨質疏松
咖啡因本身具有很好的利尿效果，如果長期且大量喝咖啡，容易造成骨質流失，對骨量的保存會有不利的影響，對於婦女來說，可能會增加骨質疏松的威脅。但前提是，平時食物中本來就缺乏攝取足夠的鈣，或是不經常動的人，加上更年期後的女性，因缺少雌激素造成的鈣質流失，以上這些情況再加上大量的咖啡因，才可能對骨造成威脅。如果能夠按照合理的量來享受，你還是可以做到不因噎廢食的。
這些人慎喝咖啡肝病患者咖啡因會延長咖啡因在體內謝的時間。一般正常的成年人咖啡因的代謝需要２小時，可是肝病患者或是肝功能不全者，咖啡因的代謝可能需４－５小時，因此肝病患者在喝咖啡時就要一定要當心，最好不要在傍晚以後喝，以免因代謝時間長而影響睡眠，而且一天最好不超１杯。
消化系統疾病患者相信經常在胃痛胃病的人都有個經驗，就是醫生一定會囑咐，刺激性食物不要吃，包括：酒、辣椒、咖啡、茶、碳酸飲料。
咖啡之所以名列其中，就是因其中的單寧酸會刺激胃酸分泌，如果是消化疾病急性期的患者一定要避免。恢復健康之後，如果偶爾飲用咖啡，也最好是在飯後用，避免空腹喝咖啡。
孕婦很多女性從懷孕後就開始，對所有吃進去的食物會特別留意，含有咖啡因的飲料當然也被列為禁忌之一。這主要是因孕婦對於咖啡因的代謝慢，咖啡因停留在體內的時間會延長，腹中的胎兒也要到八九個月的時候，才能通過新陳代謝，清除血液中的咖啡因。
小孩因孩童肝、腎的發育不完全，解毒能力差，使得咖啡因代謝的半衰期會延長，所以一般說來，１２歲以下兒童是需要禁止攝取咖啡因的。就算成天把咖啡當開水喝的歐美人士，對於小孩子喝咖啡也是有很嚴格的限制。
