咖啡盡管不是藥，但它有很多藥理上的作用，長期喝咖啡會出現腎上腺素分泌過多，血壓升高、心跳加快、手心冒汗，此外，咖啡因會刺激腸道收縮，空腹喝咖啡會造成腹瀉，使胃酸分泌過多造成胃潰瘍。另外，咖啡會增加尿中一些重要礦物質和維生素的丟失，如鈣、鎂、鉀、鈉、維生素B1等，年輕人長期飲用，也可能誘發各種心腦血管疾病。咖啡可興奮人體的神經系統，因此能夠提神，同樣咖啡也能促進血液循環。而這些功能的實現皆與咖啡因密切相關。
1第一，吸煙時勿喝咖啡。吸煙時喝咖啡可導致大腦過度興奮，咖啡因在尼古丁的誘變作用下，可能會使身體的某些組織發生突變，如刺激癌細胞的產生；第二，服藥時忌喝咖啡。很多常見藥都不宜跟咖啡一起服用（包括茶水），輕者引起惡心、嘔吐和頭暈，嚴重的還會因發生化學反應導致嚴重的心律失常；
2第三，兒童不宜喝咖啡。兒童對咖啡因的耐受力和排洩能力較之成人要弱很多，喝咖啡可能引起兒童躁動不安和惡心等症狀；那些每天喝咖啡超過9杯的人，罹患心髒病的幾率比不喝或少喝的人群高兩倍。
3第四，孕婦乳母不要喝咖啡。咖啡因可迅速通過孕婦胎盤進入胎兒體內，可能母體沒有太大反應，但是這對胎兒的正常發育十分不利。有研究顯示，孕婦長期過量飲用咖啡會導致胎兒神經系統發育異常，甚至出現弱智、肢體活動能力差等不良現象。
只要每天攝入的咖啡不超過3杯（200ml），就不會對血壓產生危害。反之，不僅血壓不穩，甚至還會增加冠心病等危險事件的發生率。每天喝咖啡超過5杯的60歲左右的人群，其心肌梗死的患病風險也明顯增加！
