病毒性心肌炎的發病以輕中型多見，重型較少，經長期隨診結果，絕大多數痊愈，少數遷延，極少數死亡。影響預後的主要原因有以下：
（1）治療不夠及時輕型心肌炎早期，臨床症狀多較輕，僅心電圖有異常改變，X線及超聲心動圖結果異常的少見，不易被家長發現，臨床醫生也可能忽視而漏診，未能及時休息治療，致使病情拖延、加重，甚至已發展為慢性。失去治療的最佳時機。
（2）不重視休息，沒有堅持治療心肌炎的臨床表現常較實際病情為輕，使部分家長不重視，在住院治療好轉出院後或經門診治療一段時間後，不再繼續用藥，參加一切體育活動，使病情遷延或加重。
（3）反復感染患心肌炎後部分患兒機體免疫功能減低，特別是細胞免疫功能降低，易受細菌或病毒感染，可導致心肌炎加重及復發，故在心肌炎的病程中，應注意增強機體免疫力，如有感冒或其他感染，要采取積極治療措施。
（4）沒有堅持長期隨診定期門診隨診能對病情有系統觀察，得到醫生的指導，如有病情變化，及時調整治療方案。使病情順利恢復。（5）與病情輕重有關，輕中型病例，經正規休息和治療，大多數能徹底恢復；重型病例因其病變廣泛、嚴重，發病較急，即使積極搶救，正規治療，病情易於遷延或留有後遺症，甚至死亡。
