大多數患者經過適當治療後痊愈，不遺留任何症狀或體征。極少數患者在急性期因嚴重心律失常、急性心力衰竭和心源性休克而死亡。部分患者經過數周或數月後病情趨地穩定，但有一定程度的心髒擴大、心動能減退、心律失常或心電圖變化，此種情況歷久不變，大致為急性期後心肌疤痕形成，成為後遺症。還有部分患者由於急性期後炎症持續，轉為慢性心肌炎，逐漸出現進行性心髒擴大、心功能減退、心律失常，經過數年或一、二十年後死於上述各並發症。各階段的時間劃分比較難定，一般可以6個月以內為急性期，6月至1年為恢復期，1年以上為慢性期。急性期不明確的慢性患者與心肌病難區分，據當前認識與已有證據，有一部分心肌病是由心肌炎演變而來。
