少數病毒感染如麻疹、脊髓炎病毒等可以通過預防接種而達到預防的目的。
心肌炎的治療針對兩方面：病毒感染和心肌炎症。
對原發病毒感染，近年來提出用干擾素或干擾素誘導劑預防和治療心肌炎。一些中草藥如板藍根、連翹、大青葉、虎杖等初步實驗研究認為可能對病毒感染有效。
心肌炎患者應臥床休息，進易消化和富含維生素和蛋白質的食物。心力衰竭應及時控制，但應用洋地黃類藥時須謹慎，從小劑量開始，擴血管藥和利尿藥也可應用。早搏頻繁，或有快速心律失常者用抗心律失常藥。如因高度房室傳導阻滯、快速室性心律或窦房結損害而引起昏厥或低血壓，則需用電起搏或電復律，多數三度房室傳導阻滯患者借起搏器渡過急性期後得到恢復。
腎上腺皮質激素的應用，可使嚴重心肌炎的心力衰竭好轉，嚴重心律失常（如高度房室傳導阻滯）減輕或消除，其作用可能是通過抑制心肌炎的炎症和水腫、消除變態反應、減輕毒素的作用。實驗中激素抑制干擾素的合成和釋放、加速病毒增殖，引起感染加重，故目前認為一般患者不必應用，尤其是發病最初10天內。但臨床實踐證明，對重症患者，激素仍宜應用，以渡過危重時期。對經其他方法治療效果不佳者、或免疫反應強烈者，在發病後10天至1月內，也可考慮應用激素。對一般心肌炎患者，應用激素，環孢素等作免疫抑制治療未證明有益。
促進心肌代謝的藥物，如三磷酸腺苷、輔酶a、肌苷、環化腺苷酸、細胞色素c等在治療中可能有輔助作用，一般可選用三磷酸腺苷10～20mg，或輔酶a50u，或肌苷200～400mg，或環化腺苷酸20～40mg，或細胞色素c15mg肌肉注射，2～3次/d。近年來輔酶q10也用於治療心肌炎，口服20～60mg3次/d。提高免疫功能的藥，近年來發現黃芪對提高免疫功能及改善心功能有益，口服或注射均可，也可用免疫核糖核酸每周皮注射6mg或胸腺素10mg，每天一次肌注，也可用轉移因子、干擾素治療。
