有些患者出生時即有本病，本病患者中可見到HLA抗原的遺傳基因型。家族”性病”例以常染色體顯性遺傳形式傳遞，發病的型式可是無症狀的心肌不對稱性肥厚，也可有典型的梗阻症狀。
遺傳缺陷引起發病的機制有以下設想： 1、兒茶酚胺與交感神經系統異常，其證據為本病易伴發神經嵴組織疾病、”甲亢”或”胰島素”分泌過多、”高血壓”，用β受體阻滯劑有效。 2、胎兒期室間隔不成比例的增厚與心肌纖維排列不齊，在出生後未正常退縮。 3、房室傳導過速導致室間隔與左室游離壁不同步激動和收縮。
4、原發性膠原異常引起異常的心髒纖維支架，使心肌纖維排列紊亂。
5、心肌蛋白合成異常。
6、小冠狀動脈異常，引起缺血，纖維化和代償性心肌增厚。
7、室間隔在橫面向左凸而在心尖心底軸向左凸（正常時均向左凹），收縮時不等長，引起心肌纖維排列紊亂和局部肥厚。至於無家族或遺傳證據的散發型病例，其發病機制尚不清楚。
肥厚型梗阻性”心肌病”的病變原因
病變以心肌肥厚為主，心髒重量增加。心肌肥厚可見於室間隔和游離壁，以前者為甚，常呈不對稱（非同心）性肥厚，即心室壁各處肥厚程度不等部位以左心室為常見，右心室少見。室間隔高度肥厚向左心室腔內突出，收縮時引起左心室流出道梗阻者，稱為“肥厚性梗阻性心肌病”，舊稱“特發性肥厚性”主動脈瓣下狹窄””；室間隔肥厚程度較輕，收縮期未引起左室流出道明顯梗阻者，稱為“肥厚性非梗阻性心肌病”。前乳頭肌也可肥厚，常移位而影響正常的瓣膜功能。心肌高度肥厚時，左心室腔減小。不成比例的心肌肥厚常使室間隔的厚度與左心室後壁厚度之比≥1.3，少數可達3。
