先天性心髒病的病因大概分內因和外因兩大類，內因即遺傳因素，如染色體異常和基因畸變，外因中較重要的因素為室內病毒感染如風疹、腮腺炎、流行性感冒等，在懷孕最初的3個月是影響心髒發育的要害時期，也是輕易罹患先天性心髒病的危急時期。
有些准媽媽在孕初期沒有察覺到已經懷孕，服用了一些藥物和接受了X光的照射，這樣胎兒都可能因此而罹患先天性心髒病，幾率大概在30%左右。
高齡產婦也是造成嬰兒先天性心髒病的一個危急因子，35歲以上的高齡產婦生出征嬰兒的比例較高，這些嬰兒有25%的幾率會患上先天性心髒病。
其實，由於上述原因造成的先天性心髒病還算是少數，還有約90%的患病原因不是十分明了，先天性心髒病與許多因素均有關系，屬多發性原因，如環境因素，在高原地區動脈導管未閉的發病率就較高，這說明高原環境可能是發病因素之一。
