治療心房顫動時，目前最常用的抗血栓藥物為普通肝素、低分子肝素、華法林、阿司匹林等。原則上有藥物使用禁忌證者均不宜進行抗血栓治療，其使用禁忌證有如下幾個方面：
(1)、活動性出血
活動性出血或有出血傾向(如活動性潰瘍病、外傷、手術或分娩後等)、凝血機制障礙和血小板減少者，華法林的主要抗血栓作用是競爭性抑制維生素k依賴性凝血因子ⅱ、ⅶ、ⅸ、ⅹ的生成、降低凝血酶誘導的血小板聚集作用，因而可加重出血或誘發大出血。
(2)、嚴重肝腎功能不全
嚴重肝腎功能不全者，因華法林幾乎完全由肝代謝為無活性的代謝物等，經腎和腸道排出，故肝腎功能不全者易發生毒副反應。
(3)、孕婦
孕婦在妊娠頭三個月以及產前6周禁用華法林，因華法林易通過胎盤發生“胎兒華法林綜合征”，發生率為5％～30％，表現為骨骼、面部和中樞神經系統等異常，並可致胎兒心、肝、脾、胃腸道等畸形以及死胎等。
(4)、嚴重高血壓患者
嚴重高血壓患者，治療後收縮壓高於160mmhg或舒張壓高於100mmhg者，易發生出血性腦血管意外。
(5)、心內膜炎和癌症患者
亞急性細菌性心內膜炎和癌症患者，易發生贅生物脫落栓塞、癌症轉移和出血等並發症。
(6)、不能定期監測凝血活酶
不能定期監測血清國際正常化比值(inr)、凝血酶原時間(pt)、活化的部分凝血活酶時間(aptt)者。
（7）、年齡大於70歲以上者
年齡大於70歲以上者；抗血栓治療時同時服用阿司匹林者。
