治療原則為積極預防感染，一旦發生心肌炎，則以病因治療為主。出現心衰或心律失常者對症處理，可使用心肌營養藥物。必要時可使用激素。
休息、支持、對症治療仍是一線治療手段，少數出現暴發型或急性心肌炎患者可能需要強化的血流動力學支持和藥物干預，包括血管升壓藥和正性肌力藥。對於左心室充盈壓增高的患者可以靜脈應用利尿劑、血管擴張劑(如硝酸鹽類)，當血流動力學穩定後，所有患者應使用acei和β阻滯劑。在持續心功能ⅲ、ⅳ級的患者中可選擇性使用醛固酮拮抗劑。雖然國外有關於左心室輔助裝置及氧合膜用於心肌炎合並心功能不全治療的報道，但該治療對心功能的最終恢復是否有益還有爭議。心功能不全患者預防性應用心髒復律除顫器則應根據患者恢復情況考慮決定。
心肌炎可能涉及細胞免疫和體液免疫，免疫抑制劑治療從理論上講應該有效。有大於20個非隨機臨床對照試驗證明有效，但心肌炎的組織學改變與心室功能改善未必有明確的相關性。不同的病毒感染對免疫抑制劑治療可以產生不同的反應，因此，應客觀對待已公布的臨床治療試驗結果。心肌炎患者不應常規使用免疫抑制劑。但系統性免疫性疾病(如紅斑狼瘡、硬皮病、多發性肌炎等)引起的心肌炎應用免疫抑制劑能夠獲益，特發性巨細胞性心肌炎患者應用免疫抑制劑也可獲益。
