腦血栓後遺症是伴著腦血栓而來，所以只要確定了腦血栓，便可以診斷。”腦血栓形成”除了與”出血”性腦血管病鑒別外，還需與”腦栓塞”、TIA鑒別。此外，也要與其他顱腦疾病如顱內占位”性病”變、腦瘤、硬膜下血腫、”腦膿腫”、”腦炎”、腦”寄生蟲病”等鑒別。但根據病史及檢查，常不難鑒別。
應與以下疾病鑒別： （一）”腦出血” 發病更急，常有”頭痛”，”嘔吐”等顱內壓增高症狀及不同程度的意識障礙，血壓增高明顯，典型者不難鑒別。但大面積梗塞與腦出血，輕型腦出血與一般腦血栓臨床症狀相似，鑒別困難，往往需要做CT才能鑒別。
（二）腦栓塞
起病急驟，一般缺血范圍較廣，症狀常較重，常有心髒病史，特別是有心房纖顫、細菌性心內膜炎、心肌梗塞或其它掀因容易產生栓子來源時應考慮腦栓塞。
（三）顱內占位性病變
某些硬膜下血腫、顱內腫瘤、腦膿腫等發病也較快，出現偏癱等症狀，與腦血栓相似，應注意有無高顱壓的症狀及體征，必要時可做腰穿、CT等檢查以資鑒別。
