1、滅蚊是預防乙腦和控制本病流行的一項根本措施。要消滅蚊蟲的滋生地，冬春季以滅越冬蚊為主，春季以清除滋生地與消滅早代幼蟲為主，夏秋季以滅成蚊為主，同時注意消滅幼蟲，滅蚊應貫徹“滅早、滅小、滅了”的原則，噴藥滅蚊能起到有效作用，可滅成蚊、孑孓及蟲卵。此外，應使用蚊帳、搽用防蚊劑及蚊香、滅蚊器等防蚊措施。
2、人群免疫預防接種是保護易感人群的有效措施。目前大規模生產和使用的疫苗有三種：鼠腦滅活疫苗、細胞培養滅活疫苗和細胞培養減毒活疫苗。
鼠腦滅活疫苗采用的是中山株或北京-1株，由於北京-1株可誘生較廣的中和抗體應答，而且接種北京株後鼠腦中抗原產量較高，目前北京株已取代了中山株，鼠腦滅活疫苗接種方法，國際上推薦兒童期初免為注射2針，間隔1～2周，初免的防病效率為95%以上，亞洲許多國家采用的方法是初免2針，間隔約4周，1年後加強，嗣後每隔3年加強1次的程序。但是連續加強後免疫力的持續時間尚未確定。由於此種疫苗價格較高，且有疫苗相關不良反應發生，很難大規模使用。
目前我國使用的細胞培養滅活疫苗是地鼠腎細胞組織培養的乙腦滅活疫苗，中國用北京P-3株制備的效果較好，保護率為60%～90%。初次免疫采用皮下注射2次，間隔7～10天，第2年加強1次，連續3次加強後不必再注射，可獲得持久免疫力。免疫所用劑量因年齡不同而異，1～6歲0.5ml/次，7～12歲1ml/次，成人2ml/次，皮下注射後可有局部腫痛及”淋巴結腫大”，偶可發生”發熱”、皮疹等全身反應。預防接種後獲得的免疫力通常在最後一次注射後的2～3周發生，一般能維持4～6個月，故預防注射應在流行季節前1個月完成。重點對象是10歲以下兒童和從非流行區進入流行區的人員，接種時應注意不能與”傷寒”三聯菌苗同時注射，有中樞神經系統疾患和慢性”酒精中毒”者禁用。
