臨床症狀可以輕重不等，輕者科自行緩解，危重者呈急進性過程，發病開始症狀較輕，隨後迅速進展而陷入昏迷，可導致死亡及後遺症。
病毒性腦炎需通過臨床表現、腦脊液化驗、腦電圖、頭部CT及MRI檢查確診，腦脊液檢查結果為多數壓力增高，外觀清亮，白細胞總數為0至數百，病初多以中性粒細胞為主，以後淋巴細胞為主，腦脊液直接塗片無細菌發現。
一般來說，病毒性腦炎預後較好，可出現後遺症，但一般積極治療後兩者都較少後遺症。病毒性腦炎有傳染性，細菌性腦炎沒有傳染性，此外還應根據不同的發病的程度、治療是否及時、治療方式正確與否以及自身抵抗力等進行評估。
