1、遺傳原因：在不同的家族裡已發現有許多類型腦炎後遺症，並且有些家族被檢測出某一特殊基因異常。這些基因異常可導致人體內鈣、鉀、鈉以及其他其他化學物質代謝細微的改變。遺傳因素通常不是直接引發腦炎後遺症的原因，但會間接影響疾病發展。基因能影響患者藥物代謝途徑，或者可導致大腦局部神經元畸形。
2、產前損傷：對於胎兒而言，大腦的發育對產前損傷是十分敏感的，懷孕的母親曾經患有”感染”、飲食不當、吸煙或者濫用藥物及飲酒都會導致產前損傷。
3、環境原因：環境的或職業性地暴露於鉛、一氧化碳或某一化學物質。使用某些藥物或過量酒精攝入。缺乏睡眠、應激、或激素改變。停用某些抗憂郁和抗”焦慮”藥物。
4、顱”腦損傷”：顱腦損傷可以導致腦炎後遺症發作，如果顱腦損傷較嚴重，發作可能在近幾年就會發生。而如果損傷是輕微的，發作的危險就會比較小。
5、其他疾病：引起腦損害的疾病往往也是引發腦炎後遺症的原因。有時通過治療原發病可以阻止腦炎後遺症發展。但也有病例，原發病治愈後仍繼續發生發作。發作是否能停止取決於原發病的類型、受侵襲腦組織的部位以及腦損害的程度。
