1、早期發現病人，就地隔離治療。
2、流行期間做好衛生宣傳，應盡量避免大型集會及集體活動，不要攜帶兒童到公共場所，外出應戴口罩。
3、藥物預防：國內仍采用磺胺藥，密切接觸者可用碘胺嘧啶（SD），分2次與等量碳酸氫鈉同服，連服3日。在流腦流行時，凡具有：①發熱伴頭痛；②精神萎靡；③急性咽炎；④皮膚、口腔黏膜出血等四項中二項者，可給予足量全程的磺胺藥治療，能有效地降低發病率和防止流行。國外采用利福平或二甲胺四環素進行預防。利福平，連服5日。
4、菌苗預防：目前國內外廣泛應用A和C兩群莢膜多糖菌苗。經超速離心提純的A群多糖菌苗，保護率為94.9%，免疫後平均抗體滴度增加14.1倍。國內尚有用多糖菌苗作“應急”預防者，若1～2月份的流腦發病率大於10/10萬，或發病率高於上一年同時期時，即可在人群中進行預防接種。
