法樂四聯症病例的預後決定於右心室流出道及/或肺動脈狹窄的輕重程度，以及肺部側支循環的發育情況。未經手術治療的極少數病例雖然可能生存到40歲以上，但絕大多數病人在童年期死亡。
據Bertranou等的資料，66%可生存到1周歲；49%生存到3歲；24%生存到10歲；而20歲時仍生存者則僅在10%以下。常見的死亡原因有血缺氧引致的腦血管意外，腦膿腫、充血性心力衰竭、細菌性心力膜炎等。
隨著年齡增長，肺動脈狹窄病變逐漸加重和肺動脈分支血栓形成，肺循環血流量減少，紫绀和血缺氧的程度逐漸加重。肺動脈閉鎖的病例預後最差，由於肺的血供主要依靠動脈導管，動脈導管閉合時則可因嚴重血缺氧引致死亡。出生後1年內死亡率為50%，3年為75%，10年為92%。但如體循環與肺循環之間側支循環豐富，則可延長生存期。
四聯症根治術的手術死亡率較過去逐漸降低，現約在5～10％左右。
影響外科療效的因素有手術時年齡、體重、紫绀程度、血紅蛋白含量、紅細胞壓積、右心室流出道狹窄病變類型、肺動脈，肺動脈瓣環和左心室發育情況；
是否曾施行體肺分流術；
根治術時是否需應用跨瓣環織片或帶瓣管道；
心內畸形糾治是否妥善，是否餅有其它心髒血管先天性畸形等。
術後症狀明顯改善，紫绀消失，活動耐力增大，能參加正常學習或工作。術後10年，20年的生存率約在90％以上。
但如並有肺動脈瓣關閉不全，殘留心室間隔缺損，右心室高壓（收縮壓超過9.3kPa，70mmHg）等情況，則影響功能恢復，晚期療效欠滿意。
