病毒性心肌炎主要應與以下疾病鑒別：
1.風濕性心肌炎 多見於5歲以後學齡前和學齡期兒童，有前驅感染史，除心肌損害外，病變常累及心包和心內膜，臨床有發熱、大關節腫痛、環形紅斑和皮下小結，體檢心髒增大，窦性心動過速，心前區可聽到收縮期反流性雜音，偶可聽到心包摩擦音。抗鏈“O”增高，咽拭子培養A族鏈球菌生長，血沉增快，心電圖可出現一度房室傳導阻滯。
2.β受體功能亢進症 多見於6～14歲學齡女童，疾病的發作和加重常與情緒變化(如生氣)和精神緊張(如考試前)有關，症狀多樣性，但都類似於交感神經興奮性增高的表現。體檢心音增強，心電圖有T波低平倒置和S-T改變，普萘洛爾試驗陽性，多巴酚丁胺負荷超聲心動圖試驗心髒β受體功能亢進。
3.先天性房室傳導阻滯 多為三度阻滯，患兒病史中可有暈厥和Adams-Stokes綜合征發作，但多數患兒耐受性好，一般無胸悶、心悸、面色蒼白等。心電圖提示三度房室傳導阻滯，QRS波窄，房室傳導阻滯無動態變化。
4.自身免疫性疾病 多見全身型幼年型類風濕性關節炎和紅斑狼瘡。全身型幼年型類風濕關節炎主要臨床特點為發熱、關節疼痛、淋巴結、肝脾腫大、充血性皮疹、血沉增快、C反應蛋白增高、白細胞增多、貧血及相關髒器的損害。累及心髒可有心肌心肌酶譜增高，心電圖異常。對抗生素治療無效而對激素和阿司匹林等藥物治療有效。紅斑狼瘡多見於學齡女童，可有發熱，皮疹，血白細胞、紅細胞和血小板減低，血中可查找到狼瘡細胞，抗核抗體陽性。
5.皮膚黏膜淋巴結綜合征 多見於2～4歲幼兒，發熱，眼球結膜充血，口腔黏膜彌散性充血，口唇皲裂，楊梅舌，淺表淋巴結腫大，四肢末端硬性水腫，超聲心動圖冠狀動脈多有病變。需要注意的是，重症皮膚黏膜淋巴結綜合征並發冠狀動脈損害嚴重時，可出現冠狀動脈梗死心肌缺血，此時心電圖可出現異常Q波，此時應根據臨床病情和超聲心動圖進行鑒別診斷。
