生物病毒原因：病毒及細菌感染都會導致再生障礙性貧血，其中是病毒性肝炎為突出，肝炎導致再障的機理，有的認為肝炎病毒對造血干細胞有直接用途，或用免疫機領會釋。病毒有：有肝炎病毒，EB病毒，風疹病毒，帶狀疱疹病毒，登革熱病毒，流感病毒，人類免疫缺陷病毒，人類T淋巴細胞白血病病毒等，均有損害骨髓造血，導致再障或骨髓造血受抑的報道。
電離照射：不過人們了解可以誘發病症的病因不但但只有化學藥品，也會出現輻射的原因，像x射線、r射線、放射性同位素進入細胞，困惑有重要生物作用的大分子，破壞DNA和蛋白質，所有細胞都可能被電離輻射破壞。
遺傳因素，貧血系常染色體隱性的遺傳性疾病會出現家族性疾病。貧血一般出現在5～10歲，很多病人還會有先天性畸形，尤其是骨骼系統，像拇指短小和缺少、多指桡骨縮短、體格矮小、小頭眼裂小、斜視、耳聾腎畸形及心血管畸形等，皮膚色素沉著也很常常。本病HBF常增高染色體異常察覺率高，DNA修復機制有缺陷，為此惡性腫瘤特別是白血病的察覺率顯然增高。10%患兒雙親有近親婚配史。
