這是患兒家長非常關心的問題。但是由於先心病的類型不同。病情的差異，很難簡單地回答這個問題，很多情況需要因人而異，還要根據醫療條件的許可程度。選擇手術時間一般從以下幾個方面考慮：
（1）有無自然愈合的可能
雖然能夠自然愈合的先心病很少，但常見的室間隔缺損確有一部分會自然愈合，這與缺損的部位、大小有關。
根據臨床經驗，如果室間隔缺損在容易愈合的部位，沒有明顯症狀，也沒有肺高壓征象，就不一定急於手術，定期觀察有無閉合的可能，等到5~6歲仍未見閉合，此時應該考慮手術。
（2）病情嚴重程度
雖然絕大多數先心病不經過心髒手術是不會好的，選擇手術時間也要看病情嚴重程度。例如左向右分流型先心病合並嚴重心肺功能不全，雖然經過藥物治療仍不能有效地控制，應該及時手術。
紫绀型先心病，紫绀嚴重，缺氧發作頻繁，雖然經過藥物治療仍不能控制時也應該及早手術。按現代心髒外科手術水平，手術的可能已不受年齡的限制，不能立即進行糾治手術的重危患者可先進行減狀手術，待日後再進行糾治手術。
如果病情不嚴重，也沒有合並症，在經常隨訪病情的條件下，左向左分流型先心病在5~6歲，紫绀型先心病在2~3歲擇期手術。相對而言，年齡大一些，對手術的耐受程度也高一些。
